Існують два типи класифікації - штучна і природна. У штучній класифікації за основу беруть один або кілька легко помітних ознак. Вона створюється і застосовується для вирішення практичних задач, коли головним є зручність використання і простота.
Штучної класифікацією була і згадувана вже система класифікації, прийнята в стародавньому Китаї. Лінней всіх червоподібний організмів об'єднав в одну групу Vermes. У цю групу увійшли вкрай різні тварини: від простих круглих (нематоди) і дощових черв'яків до змій. Класифікація Ліннея також відноситься до розряду штучних, оскільки в ній не враховувалися важливі природні взаємини - зокрема той факт, що у змій, наприклад, є хребет, а у дощового хробака його немає. Насправді змії мають більше спільного з іншими хребетними, ніж з хробаками. Прикладом штучної класифікації риб може служити поділ їх на прісноводних, морських і риб, що населяють солоноватоводние водойми.
Ця класифікація заснована на перевазі цими тваринами певних умов навколишнього середовища.
Такий поділ зручно для вивчення механізмів осморегуляції. Аналогічно цьому всіх організмів, Яких можна бачити за допомогою мікроскопа, називають мікроорганізмами, об'єднуючи їх таким чином в єдину групу, зручну для вивчення, але не відображає природних взаємозв'язків.
Природна класифікація - Це спроба використовувати природні взаємозв'язку між організмами. В цьому випадку враховується більше даних, ніж в штучної класифікації, при цьому беруться до уваги не тільки зовнішні, але і внутрішні ознаки. Враховуються схожість в ембріогенезі, морфології, анатомії, фізіології, біохімії, клітинному будові і поведінці. В наші дні найчастіше користуються природною і філогенетичної класифікаціями. Філогенетична класифікація заснована на еволюційних взаємозв'язках. В цій системі, згідно з існуючими уявленнями, в одну групу об'єднуються організми, що мають загального предка.
Філогенія (Еволюційна історія) тій чи іншої групи може бути представлена у вигляді родовідного древа, такого, наприклад, як показано на малюнку.
Поряд з уже розглянутими класифікаціями існує також фенотипова класифікація. Така класифікація являє собою спробу уникнути проблеми встановлення еволюційного спорідненості, яке часом виявляється дуже важким і дуже суперечливим, особливо в тих випадках, коли необхідні викопні рештки надто нечисленні або зовсім відсутні. Слово «фенотипический» походить від грец. phainomenon, тобто «те, що ми бачимо». Ця класифікація заснована виключно на зовнішніх, тобто видимих, ознаках (фенотипическое схожість), причому всі враховуються ознаки вважаються однаково важливими. Враховуватися можуть найрізноманітніші ознаки організму за принципом чим більше, тим краще. І зовсім необов'язково, щоб вони відображали еволюційні зв'язку. Коли накопичується певна кількість даних, на їх основі розраховується ступінь подібності між різними організмами; зазвичай це робиться за допомогою комп'ютера, оскільки розрахунки вкрай складні. Використання комп'ютерів в цих цілях отримало назву чисельної таксономії. Фенотипічні класифікації часто нагадують філогенетичні, хоча при їх створенні така мета не переслідується.