Ще порівняно недавно за загальним визнанням всі організми підрозділяли на два царства - Царство тварин і царство рослин. Основна відмінність між тваринами і рослинами зводили до способу харчування. Тваринами вважали тих, хто використовував в якості їжі готовий органічний матеріал (гетеротрофних спосіб харчування), рослинами - організми, самі синтезують необхідний органічний матеріал з неорганічних сполук (автотрофний спосіб живлення).
Якщо точніше, то гетеротрофні організми - Це ті, які повинні отримувати вуглець у вигляді його органічних сполук, а автотрофні організми здатні використовувати вуглець в неорганічної формі, а саме у вигляді діоксиду вуглецю (ССЬ, вуглекислий газ). Тваринам зазвичай доводиться розшукувати їжу і тому вони повинні бути здатні до локомоції. А це передбачає наявність нервової системи, що забезпечує координацію рухів у більш високоорганізованих тварин. Рослини ж ведуть нерухомий спосіб життя, вони нездатні пересуватися і, отже, нервова система їм не потрібна.
Однак у цій класифікації випускається з уваги той очевидний факт, що всі клітинні організми розпадаються на дві природні групи, що називаються тепер прокаріоти і еукаріотами.
Між двома цими групами існує фундаментальна відмінність, для переконання в цьому треба подивитися розплідник рослин. Терміни « прокаріоти »І« еукаріоти »Відбивають розходження в локалізації ДНК (генетичного матеріалу) в клітині. У прокаріотів ДНК не оточена ядерною мембраною і вільно плаває у цитоплазмі. Іншими словами, у цих клітин немає істинного (оформленого) ядра (pro - перед; karyon - ядро). У клітинах ж еукаріот є даний ядро (їй - повністю, добре). Еукаріоти еволюціонували від прокаріотів.
Розподіл всіх організмів на тварин і рослини стикається з певними труднощами. Наприклад, гриби - гетеротрофи, але при цьому вони не здатні пересуватися. Так куди ж їх віднести? Щоб вийти з цього положення, було вирішено, що повинно існувати більше двох царств. У 1982 р. Маргеліс і Шварц (Margulis, Schwartz) запропонували систему, що передбачає наявність п'яти царств - царство прокаріотів і чотири царства еукаріотів (рис. 2.4). Система Маргеліса і Шварца отримала широке визнання і саме її тепер рекомендують використовувати. Вважають, що еукаріоти утворюють Домен Eukaryotae. Сама суперечлива група - це протоктісти, можливо тому, що це не природна група.
Всі мікроорганізми, Хоча вони і не утворюють природної таксономічної одиниці, часто об'єднують в одну групу під загальною назвою мікроорганізми або мікроби. Ця група включає в себе бактерій (прокаріоти), віруси, гриби та протоктісти. Таке об'єднання зручно в практичних цілях, оскільки методи, використовувані для вивчення цих організмів, як правило, схожі. Так, зокрема, для їх візуального спостереження потрібен мікроскоп, а їх культивування слід проводити в асептичних умовах. Наука, що вивчає мікроорганізми, утворює одну з гілок біології, звану мікробіологією. Мікроорганізми набувають все більшого значення в таких областях науки, як біохімія, генетика, агробіологія і медицина; крім того, вони становлять основу важливого напрямку в промисловості, званого біотехнологією. Деякі мікроорганізми, такі як бактерії і гриби, грають ще й важливу екологічну роль як редуцентов.