Базова категорія будь біологічної класифікації, що відображає певну стадію еволюції окремої популяції організмів - вид - Сукупність особин з однаковим фенотипом, дають плідне потомство і що мешкають в певному ареалі. Для правильного розуміння значення цього терміна в класифікації мікроорганізмів необхідно знати відмінності видоутворення між бактеріями та вищими рослинами і тваринами з обов'язковим статевим розмноженням.
Для видів останніх характерна наявність популяцій з відносно однорідним набором генів, що утворився в результаті перехресного схрещування. Якщо окремі частини популяції ізолювати один від одного (наприклад, географічно), то цілком можлива їх дивергентная еволюція. Після певного часу на географічну ізоляцію накладається фізіологічна ізоляція, Що призводить до розвитку окремих частин популяції за власним шляху і утворення нового вигляду.
На відміну від вищих рослин і тварин, велика частина мікроорганізмів не здатна розмножуватися статевим шляхом. Іншими словами, у них відсутні механізми, здатні приводити до «переривчастих» видоутворення. В результаті заповнення різних екологічних ніш можуть розвиватися дівергентние еволюційні форми, але різниця між ними обумовлена лише відмінностями між екологічними нішами. Таким чином, визначення поняття вигляд, як його застосовують для організмів зі статевим розмноженням, не можна повністю застосовувати щодо мікроорганізмів. У зв'язку з цим поняття вид для них трактується довільно.
Систематика мікроорганізмів
Природна ( Філогенетична ) Систематика мікроорганізмів має кінцевою метою об'єднання споріднених форм, пов'язаних спільністю походження, і встановлення ієрархічного підпорядкування окремих груп. До теперішнього часу відсутні єдині принципи і підходи до об'єднання (або поділу) їх в різні таксономічні одиниці, Хоча для них намагаються використовувати схожість геномів як загальноприйнятий критерій. Дуже багато мікроорганізмів мають однакові морфологічні ознаки, але розрізняються за будовою геномів, родинні зв'язки між ними часто бувають неясними, а еволюція багатьох просто невідома.
Більш того, наріжне для кожної класифікації поняття вид для бактерій до цих пір не має чіткого визначення, а в ряді випадків справжнє спорідненість між бактеріями може виявитися спірним, оскільки воно лише відображає спільність походження від одного далекого предка. Такий спрощений критерій, як розмір, що застосовувався на зорі мікробіології, в даний час абсолютно неприйнятний. Крім того, мікроорганізми значно розрізняються за своєю архітектурою, системам біосинтезу, організації генетичного апарату. Їх поділяють на групи для демонстрації ступеня подібності та передбачуваної еволюційної взаємозв'язку. Базовий ознака, що використовується для класифікації мікроорганізмів - тип клітинної організації.