У перші дні хвороби, особливо часто при Р falciparum, P. vivax-, Р. ovale-малярії розвивається ремітуючим, субконтінуальная або неправильна гарячкова реакція з малою вираженістю фаз пароксизму (так звана «іншшальная лихоманка»), що змінюються через 3-5 днів характерною лихоманкою інтермітуючому типу.

У ряду хворих в крові можуть паразитувати дві і більше незалежних популяції плазмодіїв, внаслідок чого можуть спостерігатися здвоєні приступи - щоденні (febris quotidiana, malaria tertiana duplex) або з одним днем апірексіі при чотириденної малярії (malaria quartana duplex).

Після 2-3 приступів у більшої частини хворих вдається виявити, переважно перкуторно, збільшення розмірів печінки та селезінки, при цьому пальпація органів чутлива або болюча, їх консистенція еластична У цей же період вдається відзначити блідість шкіри і слизових оболонок, субіктерічность склер, що є відображенням інтенсивного гемолізу і розвивається анемії. При відсутності лікування розвивається 10-12 пароксизмів, причому найбільш важкі напади виникають в перші 2 тижні хвороби. Після цього інтенсивність пароксизмов згасає, проте анемія і гепато-спленомега-лія можуть зберігатися тривалий час і після припинення нападів лихоманки.

Протягом наступних 2 місяців після серії первинних пароксизмов у хворих, які не отримували адекватного лікування, можуть виникати нові гарячкові напади, що протікають легше, ніж первинні, і зазвичай у вигляді синхронних нападів. Ці пароксизми пояснюються наростанням чисельності паразитів, що збереглися в еритроцитах після закінчення першої серії нападів (ранні або еритроцитарні рецидиви).

При P. falciparum - І чотириденної малярії після закінчення серії еритроцитарних рецидивів інвазійних процес може закінчитися. Однак у частини хворих, особливо при P. falciparum-малярії, протягом ряду тижнів або місяців, а при чотириденної малярії протягом багатьох років може спостерігатися субпатентная або патентна паразитемия без помітних клінічних проявів Тривалість спонтанно протікає (нелікованої, що на практиці спостерігається рідко) Р. falciparum-малярії звичайно не перевищує 1 року (до 15 років), чотириденної - 2-5 років (у ряді випадків до декількох десятків років).

При відсутності радикального лікування P.vivax-і P.ovale-малярії після серії ранніх рецидивів паразитемия також припиняється і настає латентний період, тривалість якого може коливатися в межах декількох місяців (від 2-3 до 10-14 міс). Слідом за цим розвиваються віддалені, або екзоерітроцитарній рецидиви малярії, зумовлені завершенням тканинної шизогонії дрімаючими формами спорозоїтів (гіпнозоїти).

Рецидиви зазвичай протікають доброякісно з помірно вираженим загальнийтоксичними синдромом, ритмічним виникненням фаз малярійних пароксизмів, раннім виявленням анемії і збільшених розмірів печінки та селезінки, консистенція яких, як правило, більш щільна, ніж при первинних проявах інвазії.
Загальна тривалість Р. vivax-малярії становить від 15 до 3 років, Р. ovale-малярії - 2-3 роки (від 1 року до 4 років).
Поряд із загальними закономірностями протягом окремих видів малярії спостерігаються суттєві відмінності.