При диференціальної діагностиці харчової токсикоінфекції слід мати на увазі ряд неінфекційних захворювань, що протікають з подібною клінічною симптоматикою. Особливе місце серед таких хвороб займає інфаркт міокарда (ІМ). Відповідальність цього діагнозу очевидна і зростає ще від того, що така найважливіша лікувальна процедура при харчової токсикоінфекції, як промивання шлунка, хворим інфарктом міокарда абсолютно протипоказана.

Необхідність диференціального діагнозу харчової токсикоінфекції та інфаркту міокарда виникає у зв'язку з можливістю його так званого «Гастралгічною варіанту». При цій формі інфаркту міокарда спостерігаються блювота, біль у надчеревній ділянці, особливістю якої є іррадіація вгору і часте поєднання з інтенсивним болем за грудиною, що супроводжується почуттям страху смерті (С В. Шестаков).

Тоді ж, тобто значно пізніше, ніж при харчової токсикоінфекції, З'являється лейкоцитоз. При інфаркті міокарда позиви на блювоту більш рідкісні і, як правило, виникають при нормальному стільці Живіт зазвичай безболісний. На противагу харчової токсикоінфекцій при інфаркті міокарда бурчання кишечника відсутня. Печінка збільшується пізніше і тільки при розвитку недостатності кровообігу. Селезінка не збільшується.
Вирішальне значення мають ЕКГ-дослідження, Що виявляють зміни, характерниедля інфаркту міокарда.

У перші години захворювання діагноз харчової токсикоінфекції нерідко ставлять при гіпертонічному кризі і особливо при субарахноїдальному крововиливі. У хворих з субарахноїдальним крововиливом поряд з резчаішей головним болем з'являється блювота, що дає підставу запідозрити харчову токсикоінфекцію і помилково направити хворого в інфекційний стаціонар. Відмінними симптомами субарахноїдального крововиливу є раптовий початок захворювання, відчуття удару і припливу тепла до голови.

Можлива короткочасна втрата свідомості. Поступово прогресують менінгеальний синдром і інші симптоми ураження центральної нервової системи. Температура підвищується пізніше. Особа хворих часто гиперемировано. Живіт безболісний. Артеріальний тиск може бути підвищено. В анамнезі у хворих зазвичай є гіпертонічна хвороба, атеросклероз судин головного мозку. Провокуючими факторами можуть бути травми, фізичне перенапруження, перегрівання на сонці. При люмбальної пункції вдається отримати кров'янистий ліквор з ознаками ксантохроміі після його центрифугування або відстоювання, що є абсолютним підтвердженням діагнозу субарахноїдального крововиливу.