Унікальні структурні відмінності виявлені між генетичними варіантами IgA людини. Відомо два підкласи IgA: IgAj і IgA2. Для підкласу IgAi генетичні маркери невідомі. Для IgA2-підкласу відомі два аллотіпіческіх варіанту, що позначаються А2т (1) і А3т (2). Сімейні та популяційні дослідження показали, що утворення цих варіантів контролюється алелями генами одного локусу. Білки, пов'язані з варіантом А2т (1) мають унікальну для імуноглобулінів людини структурну особливість, тому що у них відсутні дисульфідні зв'язку між важкими і легкими ланцюгами.

Ймовірно, відмінності між алельними варіантами IgAz-підкласу не вичерпуються тільки наявністю або відсутністю дисульфідній зв'язку між важкими і легкими ланцюгами. Між варіантами А2т (1) і А2т (2) є також антигенні відмінності, а відповідні аллотіпіческіе детермінанти локалізовані в СН1-домені альфа-ланцюга. І, нарешті, надзвичайно важливим є те обставина, що ген, який контролює освіта IgA2 тісно зчеплений з генами, контролюючими освіта важких ланцюгів підкласів IgG.
Генетичні маркери не виявлені до сих пір для IgM, IgD і IgE людини, а для IgM кролика виявлені алельних варіанти.

Локус, Що контролює освіта постійної області гамма-ланцюга IgG кролика, позначається як de-локус. Відомі два типи генетичних маркерів гамма-ланцюга кролика: d-група - аллотіпіческіе варіанти А11 і А12 відмінності між якими зумовлені заміною метіонін /треонін в 225-му положенні (СН1-Домен); е-група - аллотіпіческіе варіанти А14 і А15 які розрізняються заміною треонін //аланін в 309-му положенні гамма-ланцюга (СН2-домен).

Відомі генетичні варіанти для двох підкласів IgA кролика, і відповідні гени позначаються-як «f» та «g». Генетичні антигенні маркери I-і g-локусів локалізовані на постійній області альфа-ланцюга; показано, що гени гамма-і альфа-ланцюгів імуноглобулінів кролика тісно зчеплені. І, нарешті, були виявлені два алельних аллотіпіческіх маркера, локалізованих на постійній області мю-ланцюга IgM кролика. Відповідний локус був позначений буквою п, а алельних варіанти - n81 і n82. Гибридологический аналіз показав, що n-локус зчеплений з локусами гамма-і альфа-ланцюгів імуноглобулінів кролика.

Встановлено також, що гени, які контролюють утворення підкласів IgG миші, зчеплені з геном, контролюючим освіта альфа-ланцюга IgA миші (Potter, Lieberman, 1967).

Таким чином, у різних видів тварин спостерігається одна і та ж закономірність: гени, що контролюють утворення постійної області важких ланцюгів різних класів і підкласів, тісно зчеплені. Генетичні маркери для IgD-і IgE-класів невідомі, але можна думати, що відповідні гени також зчеплені з іншими Сн-генами.

Дані про генетичному контролі постійних областей важких ланцюгів імуноглобулінів можна підсумувати наступним чином:
1) внутрішньовидові структурні відмінності між алельними варіантами важких ланцюгів визначаються, як правило, лише однією амінокислотною заміною;
2) утворення постійної області важких ланцюгів різних класів і підкласів контролюється різними неалельних генами;

3) гени важких ланцюгів різних класів і підкласів тісно зчеплені;
4) зчеплення генів важких ланцюгів має не зовсім звичайний характер, так як вони знаходяться у вигляді певних стабільних комплкса, різних для різних рас.

Існування певних стабільних сполучень неалельних генів важких ланцюгів імуноглобулінів вказує на те, що мейотіческіх кросинговер між відповідними ділянками гомологічних хромосом знаходиться «під забороною».