Незручностей, пов'язаних з використанням пірамід чисел можна уникнути шляхом побудови пірамід біомаси, в яких враховується сумарна маса організмів (біомаса) кожного трофічного рівня. Для таких оцінок треба зважити типових представників кожноговиду, що, звичайно, трудомістко і може зажадати дорогого обладнання. В ідеалі порівнюються сухі біомаси. Їх або оцінюють приблизно по «сирим» даними, або визначають руйнуючим методом). Прямокутники, з яких будується піраміда, тепер відповідають масі організмів на одиниці площі чи в одиниці об'єму місцеперебування. На рис. 10.7 наведена піраміда біомаси якоїсь водної екосистеми. Зверніть увагу, що біомаса продуцентів (фітопланктону) менше, ніж біомаса первиннихконсументів (зоопланктону), і лише вище цього рівня піраміда набуває характерну для неї форму. При взяття зразків, іншими словами в якийсь даний момент часу, завжди визначається біомаса на корені, або урожай на корені. Важливо розуміти, що ця величина не містить ніякої інформації про швидкість утворення біомаси (продуктивності) або її споживання. В іншому випадку можуть виникнути помилки з двох причин.

1. Якщо швидкість споживання (поїдання) біомаси приблизно дорівнює швидкості її утворення, то врожай на корені не дозволить судити про продуктивність, тобто про кількість речовини (і енергії), які переходять з одного трофічного рівня на інший за певний період часу, скажімо за рік. Наприклад, на хорошому, але інтенсивно використовується пасовищі біомаса трави в будь-який момент часу може бути нижчою, а продуктивність вище, ніж на пасовищі родючому, але мало використовуваному.

2. Якщо продуценти дрібні, Такі як планктонні водорості, то у них високі темпи відновлення, тобто швидкі зростання і розмноження компенсують інтенсивне споживання і загибель. В результаті їх біомаса на корені буде менше, ніж у великих продуцентів, наприклад дерев, але продуктивність за певний період часу може бути й вищим. Інакше кажучи, при однаковій продуктивності планктон, який набагато легше дерева, зможе прогодувати таку ж по біомасі кількість тварин. В цілому, якщо особини великі і довгоживучі, то темпи відновлення виду нижче, ніж тоді, коли вони дрібні і короткоживучі, тобто речовини і енергія в першому випадку накопичуються повільніше. Одне з можливих наслідків цього відображає рис. 10.7 на якому піраміда біомаси дня двох нижчих трофічних рівнів перевернута. Маса зоопланктону більше, ніж маса фітопланктону, яким годується зоопланктон. Це характерно для океанічних і озерних планктонних суспільств у певні пори року. Біомаса фітопланктону стає вище, ніж біомаса зоопланктону, в період весняного «водоростевого цвітіння», а в інші сезони співвідношення зворотне. Такий уявній аномалії можна уникнути, використавши описану нижче піраміду енергії.

Однак, якщо знати ці тонкощі, порівняльний аналіз пірамід біомаси дасть цінну інформацію. Наприклад, у водному екосистемі їх стійка пірамідальна форма з широкою основою дозволить зробити висновок про постійне «водоростевому цвітінні», т. е. далеко зайшов процесі евтрофікації. Аналогічним чином, часті інверсії морських пірамід наводять на думку, що експлуатувати автотрофних (фітопланктон) основу водних екосистем більш ризиковано, ніж наземних.