До описаної основі черепа відноситься також і так званий вісцеральний скелет, який представляє собою творчу базу для кісток обличчя, особливо для кісток верхньої та нижньої щелеп і для ксстей твердого неба, крім того, також базу для кісток шиї і для слухових кісточок. Вісцеральний скелет розвивається з хрящової закладки зябрових дуг. У хрящових риб ці частини мають ще яскраво виражене сегментний розподіл і утворюють більш каудальную частину черепної основи.
Перша зяброва дуга (Щелепна дуга) ділиться на дві частини - на закладку верхньої та закладку нижньої щелеп. В верхньощелепних відростках хрящ не закладається, а обидва латеральних відділу верхньої щелепи виникають десмогенним шляхом, безпосередньо з мезенхимной бластеми. Середня частина верхньої щелепи (межчелюстная область - os intermaxillare) виникає з ніжненосовом поля, area infranasalis, яке є нижньою частиною лобного відростка. В результаті зрощення цих закладок формується єдина верхня щелепа.
Області зрощення (Шви) між межверхнечелюстной частиною і обома латеральними частинами верхньої щелепи є так звані резцові шви (sutura incisiva), найбільш дорсальной, розташованої по середній лінії точкою яких є різцевого отвір (foramen incisivum). Піднебінні пластинки, які виростають з верхньощелепних відростків, костеніють кожна з окремого центру окостеніння, утворюючи потім тверде небо, яке також має десмогенное походження. Між його обома частинами ще і в дорослому стані зберігається видимий кістковий шов.
Якщо в процесі розвитку не відбувається повного зрощення обох піднебінних закладок, то виникає вроджене розщеплення неба (palatoschisis), яке зазвичай комбінується з розщепленням щелепи і губи (cheilognatho-palatoschi-sis). Після утворення межчелюстной області в зводі первинної ротової порожнини (у її майбутньої носової частини) утворюється продовження хрящової носової перегородки, заснування якої у вигляді кісткової частини носової перегородки після окостеніння приєднується до кісток неба.
Друга зяброва дуга (Під'язикова дуга) також характеризується хрящової закладкою (Рейхерт хрящ), дорсальний кінець якої доходить до області вихідної вушної капсули прімордіального черепа. З цього кінця формується третій слухова кісточка - стремено (stapes). З вентральної частини закладається шилоподібний відросток (processus styloides), який приєднується до скроневої кістки. Середня частина рейхертова хряща заміщається сполучнотканинних шило-під'язичний сухожиллям (ligamentum stylohyoideum), яке пов'язує шилоподібний відросток з малими ріжками під'язикової кістки (соrnu minus ossis hyoidis).
Малі ріжки виникають з лежачих найбільш вентрально відділів рейхертова хряща. Слухові кісточки пізніше замикаються в ентодермальних среднеушной порожнини, що походить з дорсального кінця першої внутрішньої зябрової борозни. Хрящова вушна капсула оточує дану область, замикаючи її в кам'янисту частину скроневої кістки, яка з неї виникає.
Хрящ третій зябрової дуги костеніє у своїх вентролатеральних відділах, утворюючи з кожного боку великі ріжки під'язикової кістки (cornus major ossis hyoidis). Ці великі ріжки з'єднуються з непарним тілом під'язикової кістки (corpus ossis hyoidis), що виникають в результаті окостеніння мезенхіми в області копуля, в області вентральних відділу Третього зябрової дуги.
З четвертій і п'ятій зябрових дуг беруть початок гіалінові хрящі та еластичні хрящі гортані, а саме з їх більш вентральних відділів (щитовидний хрящ - cartilago thyreoides, клиновидний хрящ - cartilago cuneiformis, рожковидная хрящ - cartilago corniculata і перстнеподібний хрящ - cartilago cricoides).
Серед аномалій та вад розвитку, Які спостерігаються при розвитку черепа, варто згадати лише деякі. Іноді в краніодорсальних областях кістки черепа не розвиваються (acrania), або ж не змикаються (cranioschisis). Цей дефект комбінується з розщепленням хребта (craniorachischisis). Передчасне зрощення швів черепних кісток обумовлює різні деформації черепа (наприклад мікроцефалія - ненормально малу голову, і т. д.).