У філогенетичному відношенні ч ереп, Порівняно з осьовим скелетом, є порівняно молодий частиною скелета. Вперше він закладається у вигляді хрящового освіти у хрящових риб (акули). Від цього хрящового (первинного) черепа в процесі філогенетичного розвитку у напрямку до людини зберігається тільки хрящове підставу (cranium primordiale, s. Chondral), яке пізніше хондрогенно костеніє.

Прімордіальний череп є закладкою підстави черепа і в людини (з пего загалом розвивається потилична кістка - os occipitale, клиноподібна, основна кістка - os sphenoides. решітчаста кістка - os ethmoides і частина скроневої кістки - os temporale).

В процесі філогенетичного розвитку в результаті збільшення обсягу мозку у вищих хребетних до складу кісткового покриття приєднується цілий ряд нових кісток, що утворюють покрив мозкової коробки (мозковий порожнини) і відносяться, таким чином, до вторинного черепу. Вони розвиваються в результаті десмогеніого окостеніння мезенхімних бластеми (закладок).

До цієї групи відносяться головним чином частини потиличної та скроневої кісток, тім'яна кістка (os parietale) і лобова кістка (os frontale) - покривні кістки. Крім того, до складу черепа також входять кістки, які є основою лицьового скелета і виникають із закладок зябрових дуг. Тому їх сукупність називається також вісцеральним скелетом.

Отже, розвиток черепа являє собою досить складний процес, що обумовлюється значним збільшенням обсягу мозку вищих ссавців, головним чином у приматів, і особливо збільшенням об'єму мозку у людини, з чим, в свою чергу, пов'язана необхідність утворення нових кісток, що формують його покриття. Ці нові кістки є, таким чином, филогенетически порівняно молодими, вони утворюються прискорено, безпосередньо з мезенхіми, причому відсутній хрящова перехідна стадія. Найбільш старою частиною черепа людини є хрящова закладка черепного підстави (прімордіальний череп), яка і у людини утворюється в основному в такому ж вигляді, як у нижчих тварин.

Відповідно до цього кістки черепа можна розділити на три різні за своїм розвитком групи: 1. кістки, що виникають з прімордіального черепа і костеніють на хрящової основі (хондрогенно); 2. кістки, що виникають в якості вторинних утворень при конфігурації черепного покриття (черепної коробки - покривні кістки), вони костеніють па сполучнотканинної основі (десмогенно); 3. кістки, що виникають з зябрових дуг або ж в їх області; це так званий вісцеральний скелет.