Форми паразитичних найпростіших, Пристосовані для проникнення в клітину господаря, часто забезпечені складними комплексами органел. Такі структури виявлені, наприклад, у токсоплазм (Toxoplasma gondii). У передній частині токсоплазми при вивченні в електронному мікроскопі знайдено пустотілий конус, коноида, і серія поздовжніх фібрил, прилеглих до оболонки.

Від коноида в глиб цитоплазми звішується кілька витягнутих тяжів, Токсоне, щодо яких існує думка, що вони виділяють ферменти, що полегшують проникнення паразита в клітку. Аналогічний план будову мають представники саркоспорідіі (рід Sarcocystis), також є внутрішньоклітинними паразитами.

Схожі з токсоплазмами структури виявлені у спорозоїтів малярійних паразитів, вивчених в серії робіт Garnham зі співробітниками. У спорозоїтів є серія поздовжніх фібрил, прилеглих до оболонки. Від чашоподібного поглиблення на передньому кінці спорозоита відходить пара стрічкоподібна тел («парні органели»), які виявляють значну подібність з токсонемамі.

У середній частині тіла спорозоита є круглий отвір, мікропіле. Відомо, що після проникнення спорозоита в клітку хребетного господаря він негайно округляється, що важко пояснити, враховуючи щільність його пеллікули. Garnham із співробітниками (1963) припустили, що цитоплазма спорозоита з ядром в цей момент виходить через мікропіле, з оболонки.

Встановлено подібність у будові спорозоїтів і мерозоїтів; у кров'яних трофозоітов описано освіта, подібне мікропіле, що виконує, можливо, роль цітостома (Aikawa, 1966).

Переварювання і засвоєння їжі у найпростіших відбувається в травних вакуолях - бульбашках, що залягають у внутрішньому шарі цитоплазми. Їжею найпростішим можуть служити як оформлені частки (у тому числі і різні живі організми), так і розчинені в навколишньому середовищі речовини. Поглинання оформлених часток здійснюється за допомогою фагоцитозу. Захват їх у саркодових відбуваються в будь-якій точці поверхні.

Однак у значної частини найпростіших для цього процесу спеціалізується небудь один з ділянок тіла: утворюється поглиблення - клітинний рот цитостом. Особливо складно влаштований цнтостом інфузорій, у яких він може оточувати спеціальними органелами - подовженими віями і мембранелл.

Поглинання розчинених поживних речовин здійснюється за допомогою захоплення поверхнею цитоплазми крапельок навколишнього середовища. Утворилися бульбашки проходять через клітинну мембрану, отшнуровиваются від неї і переміщуються в цитоплазму. Цей процес носить назву піноцитозу.

Виділення речовин у найпростіших відбувається осмотичним шляхом або за допомогою спеціальних утворень, скорочувальних вакуолей, які періодично виливають свій вміст в навколишнє середовище. Скоротливі вакуолі завжди присутні у найпростіших, що мешкають в середовищі з низьким осмотичним тиском (свободноживущие форми з прісних вод), але є і у деяких паразитичних найпростіших (трипаносоми, Balantidium coli та ін.)