Мікробні спільноти в порожнині рота утворюють аутохтонние і алохтонні мікроорганізми.
Аутохтонно флору порожнини рота утворюють резидентні (постійно мешкають) і транзиторні (тимчасово присутні) мікроби. Останні найбільш частовключають умовно-патогенні і патогенні види і проникають в порожнину рота насамперед з навколишнього середовища; ці мікроорганізми не вегетують в порожнині рота і швидко видаляються з неї. Алохтонні мікроби потрапляють в порожнину рота з інших мікробних біотопів (наприклад, з кишечника або носоглотки).
Серед бактерій, що мешкають в порожнині рота, Домінують маловірулентние зеленящій стрептококи; S. hominis і S. mitis мешкають на слизовій оболонці, a S. sanguis іS. mutans колонізують поверхню зубів. Мікроорганізми розкладають вуглеводи, викликаючи закислення рН, що призводить до декальцинації емалі зубів, а також утворюють з сахарози полісахариди. З полісахаридів утворюються декстран, що сприяє утворенню зубних бляшок, і леван, що розкладається в подальшому до кислот.
Серед іншої аеробної флори порожнини рота друге місце займають нейсерії, що становлять до 5% від загальної кількості аеробних бактерій. ВЗокрема, N. sicca виділяють у 45% осіб, N. perflava - у 40%, N. subfiava - у 7%, N. cinerea-у 3%. Нейсерії зазвичай колонізують носоглотку і поверхня мови. При запальних процесах і незадовільною гігієну порожнини рота їх кількість збільшується. Значну групу складають грампозитивні палички пологів Corynebacterium і Lactobacillus. Коринебактерії у великій кількості виділяють у здорових осіб, а зміст лактобацил залежить від стану порожнини рота. До складу мікробних спільнот можуть входити Lactobacillus casei, L. acidophilus, L. fermentum, L. salivarius та ін Лактобактерії сприяють розвитку каріозного процесу, утворюючи велику кількість молочної кислоти. У 50% осіб виявляють некапсулірованние штами Haemophilus influenzae, в холодний сезон бактерії виділяють частіше, а у деяких осіб відзначають тривалий носійство. Б рідкісних випадках виявляють Я. parainftuenzae, Н. haemolyticus та І. parahaemolyticus.
Серед анаеробних бактерій порожнини рота найбільше значення має вид вейлонелли, інтенсивно колонізують мигдалини. Серед анаеробних грампозитивних коків з порожнини рота виділяють пептококи {P. niger) і пептострептококи (частіше P. prevotii). Бактерії не ферментують вуглеводи, а для отримання енергії розкладають пептони та амінокислоти; часто виділяються в асоціаціях з спірохетами і фузобактеріямі при пульпітах, пародонтитах і абсцесах. Грам-негативні анаеробні бактерії представлені бактероїди, фузобактеріямі і лепто-трихом. Вони ферментують вуглеводи до газу і розкладають пептони до амінокислот, що нерідко мають гнильний запах; частіше мешкають в ясенних кишенях. До 1% анаеробної флори складають фузобактеріі (F. plauti, F. nucleatum та ін.) В асоціаціях з спірохетами вони входять до складу аутохтонной флори ясенних кишень; при ферментації вуглеводів у великій кількості утворюють молочну кислоту; викликають ульцеромембранозний стоматит, кореневі гранульоми і запалення тканин ясен.
Бактероїди порожнини рота представлені B.fragilis і В. oralis, а також близькими до них видами Porphyromonas {P. asaccharolytica, P. endodontatis і P. gingivalis) і Prevotella melaninogenica. У осіб з незадовільною гігієною порожнини рота і пошкодженими зубами P. melaninogenica виділяють у великій кількості.
Leptotrichia buccalis - Строгий анаероб, не проявляє тенденції до розгалуження і в якості основного метаболіту утворює молочну кислоту. L. buccalis - центр осадження зубного нальоту і зубного каменя. Доведено їх участь у розвитку карієсу за рахунок значного киць-лотообразованія, причому L. buccalis є синергістом лактобацил і бере участь в процесах демінералізації тканин зуба.
Розгалужені анаеробні грампозитивні бактерії порожнини рота представлені актіномі-цетамі і біфідобактеріями. Актиноміцети ферментують вуглеводи з утворенням кислот, які сприяють пошкодження емалі зубів, і проявляють помірну протеолітичну активність. За рахунок вираженої здатності до адгезії вони швидко колонізують слизову оболонку, витісняючи інші бактерії. Актиноміцети - основна група бактерій, що виділяються в нальоті зубів і зубному камені. Актиноміцети нерідко виділяють з каріозних порожнин, поразок слинних залоз і пародонту. Основні збудники - A. israelii і A. viscosus. Спірохети з'являються в порожнині рота після прорізування зубів, а у здорових дорослих осіб зустрічаються лише в рідкісних випадках. При запальних процесах і, особливо, при фузоспірохетозом, кількість спірохет зростає.
Серед трепонем порожнини рота домінують Т. macrodentium, Т. microdentium і Т. mucosum, серед лепто-спир - Leptospira dentium (L. buccalis). Серед мікоплазм в порожнині рота присутні М. orale, М. hominis, M. pneumoniae і М. salivarium.
У 60-70% осіб виявляють значну грибкову колонізацію порожнини рота, Особливо спинки мови. Найбільш часто виявляють Candida albicans. Інші види (С. krusei, С. tropicalis, С. pseudotropicalis, С. quillermondii) виділяють лише у 5% осіб. Рідше виділяють Saccharomyces cerevisae, Torulopsis gtabrata, Cryptococcus neoformans, види Aspergillus, Penicillium і Geotrichum. При ураженнях дихального тракту і на тлі тривалого прийому антибіотиків частота виявлення грибів істотно зростає.
Серед найпростіших, що мешкають в порожнині рота, Домінують Entamoeba gingivalis і Trichomonas tenax. Кількість найпростіших зростає при запаленні ясен, але це збільшення не має патогенетичного значення.