Порожнина рота об'єднує кілька мікробіоценозів, що розрізняються за фізико-хімічними показниками (рН середовища, в'язкість, температура, наявність залишків їжі, парціальний тиск газів тощо) і, відповідно, за складом мікрофлори. Основні мікробні біотопи порожнини рота - власне слизова оболонка порожнини рота; протоки слинних залоз і що міститься в них слина; десневая рідину і зона десневого жолобка; ротова рідина порожнини рота і зубні бляшки.

• Поверхня слизової оболонки колонізують грамнегативні анаеробні і факультативно-анаеробні бактерії і мікроаерофільні стрептококи. В під'язикової області, на внутрішній поверхні щік, в складках і криптах слизової оболонки порожнини рота домінують облігатно-анаеробні коки (вейлонелли, пептострептококи), лактобактерії (переважно L. sativarius) і зеленящій стрептококи (S. mitis і S. hominis). Інший стрептокок S. sativarius зазвичай колонізує спинку мови. На слизовій оболонці твердого та м'якого піднебіння, піднебінних дужок і мигдаликів мешкають різноманітні бактерії (стрептококи, коринебактерії, нейсерії, гемофілія і псевдомонади, нокардии) і дріжджоподібні гриби (переважно кандиди).

• Протоки слинних залоз і що міститься в них слина у здорової людини зазвичай стерильні або містять незначну кількість облігатно-анаеробних бактерій (переважно вейлонелли). Мізерність мікробного пейзажу зумовлена бактерицидну дію ферментів, лізоциму, секреторних g і ін

• Ясенна рідина - Транссудат, секретується в області ясенного жолобка і практично відразу контамініруемий мікробами зі слизової оболонки ясен і з слини. Серед мікрофлори домінують строгі анаероби - бактероїди (представники родів Bacteroides, Porphyromonas, Prevotella), фузобактеріі, лептотріхій, актиноміцети, спірили, спірохети та ін У яснах вої рідини також мешкають мікоплазми, дріжджоподібні гриби та найпростіші.

• Ротова рідина складається з секрету привушних, під'язикові і підщелепних слинних залоз, а також секрету слизових залоз, що містяться в порожнині рота у великій кількості. Ротова рідина - найважливіший біотоп порожнини рота. Мікрофлору ротової рідини становлять мешканці слизової оболонки порожнини рота, ясенних жолобків і кишень та зубних бляшок - вейлонелли, мікроаерофільні і факультативно-анаеробні стрептококи, вібріони, псевдомонади, спірохети, спірили і мікоплазми. У ротовій рідині бактерії не тільки тривало зберігаються, а й розмножуються.