Починаючи приблизно з п'ятого місяця, висхідна частина кишки подовжується і остаточно формується; цей процес закінчується лише після народження плода. Закладка сліпої кишки розширюється, проникаючи також під те місце, де клубова кишка переходить в товсту кишку; таким чином виникає сліпий кишеню - червоподібний відросток (processus vermiformis).

В середині третього місяця між сліпою кишкою і власне товстою кишкою утворюється складка, з якої формується клубово-сліпа заслінка (valvula iliocaecalis). Поперечна кишка розташовується вентральні дванадцятипалої кишки, у той час як спадна кишка йде від селезінкової кривизни до середини і дорсально, втрачаючи при цьому свою брижі, далі вона у вигляді сигмовидної кишки (colon sigmoideum) переходить в дорсальную частина клоаки, яка формується в пряму кишку ( colon rectum).

Найбільш каудальний відділ кишкової трубки після зникнення хвостовій кишки розширюється в мішкоподібну клоаку, в яку в кінці першого місяця відкривається вивідна протока аллантоиса, пов'язаний з конусоподібним виростом вентральній частині клоаки (сечовий шлях зародка - urachus). Хвостова кишка протягом другого місяця у зв'язку з облітерацією піддається зворотному розвитку і зникає разом з хвостом.

Вентральній стінку клоаки утворює клоачние мембрана, Яка згодом зміщується вентрокаудально в область майбутньої промежини. Порожнина клоаки фронтальної перегородкою (сечо-прямокишково перегородкою - septum urorectale) ділиться на вентральній і дорсальную частини. Як ще буде описано нижче, з вентрального відділу клоаки виникає сечовий міхур і сечівник, у той час як з дорсального відділу, в який відкривається власне кишкова трубка, розвивається пряма кишка.

Первісна клоачние мембрана, Що відокремлює порожнину клоаки від зовнішнього середовища, також ділиться на вентральній - сечостатеву область і на дорсальную - заднепроходное, анальну область. Сечостатева область відкривається назовні первинним сечостатевим отвором (orificium urogenital primitivum), а в задній частині виникає анальний отвір, через яке пряма кишка відкривається на поверхню тіла (приблизно наприкінці восьмого тижня).

У зовнішній ектодермі в окружності анальної мембрани утворюється спочатку неглибока ямка (proctodaeum), краї якої впячиваются у всередину і приєднуються до ентодермальних стінці прямої кишки. Таким чином формуються анальний канал і вторинне анальний отвір, вистелені ектодермальних епітелієм.

Приблизно на сьомому тижні епітелій ентодермальних кишкової трубки починає проліферіровать і потовщується настільки, що в деяких місцях просвіт кишки стає непрохідним. Ця тимчасова і часткова непрохідність просвіту згодом зникає, а слизова кишки потім покривається одношаровим циліндричним епітелієм.

Приблизно на сьомому тижні в епітелії утворюються закладки ворсинок у вигляді епітеліальних випинань в просвіт кишки. У ці ворсинки проникає мезенхима, утворюючи їх строму. Подібним чином у напрямку назовні в покривну мезенхіму впячиваются епітеліальні смуги, які, в кінці третього місяця, після утворення в них просвітів, перетворюються в ліберкюнови крипти (залози). На п'ятому місяці розвитку з'являються перші лімфатичні вузлики (фолікули) і Пейєрових бляшки, на третьому місяці - перші келихоподібних клітини. Ворсинки спочатку закладаються і в відділі товстої кишки, однак у другій половині внутрішньоутробного життя вони зникають.

Перистальтичні руху шлунка з'являються приблизно на четвертому місяці. Починаючи з четвертого місяця, в просвіті кишечника накопичується зеленувато-чорна кашоподібна маса, так званий meconium, що утворюється з слизу слущивающихся епітеліальних клітин, з жовчі, Пушкова волосків і з плодной сировидним мастила, заковтує плодом разом з навколоплідними водами. Меконій зазвичай виділяється з шлунково-кишкового тракту на третій чи на четвертий день після пологів. Оскільки до народження в кишковому просвіті плода бактеріальна флора відсутня, то його вміст, таким чином, є стерильним. Однак відразу ж після пологів в шлунково-кишковий тракт новонародженого проникають бактерії.