Яким же чином відбувається в межах транслокона об'єднання роздільних V-і С-генів в єдиний VC-ген? З цього питання відсутні будь експериментальні дані, є тільки більш-менш правдоподібні умоглядні пропозиції. Відповідно до одного з них передбачається, що на одному кінці транслокона згруповані тандемної розташовані V-гени, а на іншому кінці транслокона згруповані С-гени (Gaily, Edelman, 1972).
Передбачається також, що будь- V-ген в межах транслокон а може об'єднатися з будь-яким С-геном цього ж транслокона. Гіпотетичні механізми об'єднання V-і С-генів полягають у тому, що V-ген ніби «вирізується» з відповідної ділянки ДНК і інтегрується в нову ділянку, що знаходиться в безпосередній близькості з одним з С-генів. Така інтеграція може відбутися або в результаті внутрітранслоконного кроссинговера або ж за допомогою процесу, що нагадує інтеграцію епісоми бактеріальну ДНК.
Непрямим підтвердженням подібного механізму об'єднання V-і С-генів є деякі особливості первинної структури важких і легких ланцюгів. Виявилося, що послідовність трьох останніх залишків вариабельной області та двох перших залишків постійної області важких ланцюгів (тобто послідовність прикордонного ділянки між V і С) дуже схожа у важких ланцюгів різних класів і підкласів, так само як і у різних варіабельних підгруп важких ланцюгів.
Ця послідовність охоплює залишки 113-117 у гамма-ланцюгів і залишки 122-126 у мю-ланцюгів. Альфа-ланцюга мають аналогічну послідовність. Легкі ланцюги імуноглобулінів також мають в «прикордонний» ділянці подібну послідовність незалежно від типу легкого ланцюга і вариабельной підгрупи.
Подібна ідентична послідовність нуклеотидів у різних V-і С-генів може служити як тієї сигнальної послідовності, яка розпізнається відповідними ферментами (або ферментом), які беруть участь в «вилучення» V-генів з однієї ділянки ДНК та інтеграції в межах даного транслокона в іншу ділянку ДНК, де локалізовані С-гени.
Сигнальними послідовностями для ферментів типу рестрикційних ендонуклеаз (Рестриктаз) є короткі двоспіральні послідовності ДНК, що володіють поворотною симетрією («паліндроми»). Аналіз амінокислотної послідовності прикордонних VC-ділянок важких і легких ланцюгів і екстраполяція цієї послідовності на рівень послідовності ДНК з урахуванням виродженість генетичного коду і невизначеності третя підстава в кодоні показали, що для іммуноглобулінових генів дійсно існують послідовності типу паліндромів.
Об'єднання V-і С-генів в єдиний VC-ген, Здійснюване за допомогою рестриктаз, може йти не тільки шляхом об'єднання генів із збереженням генетичного матеріалу в межах транслокона. але може статися завдяки делеції всього генетичного матеріалу, який розділяє об'єднуються V-і С-гени. І, нарешті, цілком можливо, що відбувається ампліфікація одного з V-генів транслокона і потім вже екстракопіі цього гена вбудовуються і об'єднуються з тим чи іншим С-геном.
В останньому випадку екстракопіі одного і того ж гена можуть об'єднатися з різними С-генами в межах транслокона.