Характерним для малярії є рецидивуючий перебіг. Рецидиви можуть наступати при посиленні розмноження паразитів, що збереглися в крові після недостатнього лікування первинних гострих проявів, або при наступних двох типах зміни взаємин між господарем я паразитом. Після спонтанного падіння чисельності паразитів, що настає у зв'язку з розвиваються імунітетом, напади можуть відновлюватися при пожвавленні еритроцитарної шизогонії в результаті порушення рівноваги між опірністю організму хворого та інвазійних паразита. Розвиток клінічних нападів у паразитоносіїв, у яких протягом деякого часу не було лихоманки, незважаючи на велику кількість паразитів в крові, ставиться у зв'язок з порушенням раніше виникла підвищеної стійкості організму.

При триденної малярії (А по аналогії і при чотириденної) Допускається, що частина рецидивів виникає в результаті відновлення розмноження паразитів в крові за рахунок проникнення тканинних мерозоїтів. При триденної малярії з короткою інкубацією такі рецидиви, наступаючі після тривалої відсутності нападів і повного зникнення паразитів з крові, називаються віддаленими рецидивами. Вони виникають звичайно в наступному епідемічному сезоні. Рецидиви, що виникають до закінчення б місяців від моменту зараження, позначаються як б л і ж н і е.

Одна з найбільш характерних особливостей триденної малярії - Сезонність виходу тканинних мерозоїтів в кров у осіб, які заразилися в природних умовах, є пристосуванням паразита до передачі через комара, виробився в ході еволюції в певних географічних зонах.

Збільшення розмірів печінки і особливо селезінки визначається гіперплазією ретикуло-ендотеліальних і лімфоїдних елементів і повнокров'ям органів у зв'язку з напруженою функціональним навантаженням. При затяжний малярії, внаслідок неправильного лікування і реінфекцій, може розвинутися склероз селезінки; фіброз може розвинутися і в печінці. В кістковому мозку поряд з гіперплазією ретикуло-ендотелію спостерігається і гіперплазія червоного паростка. Зміни в інших паренхіматозних органах мають головним чином дистрофічний характер і визначаються анемією і обмінними порушеннями у зв'язку з гарячковим станом.

Малярійний пігмент, Затримуючись в клітинах ретикуло-ендотелію, іноді в проміжній тканині, надає органам своєрідний димчастий або коричнево-сірий відтінок. При затяжний малярії органи можуть приймати чорне забарвлення (меланоз).

При тропічній малярії, При якій дозрівання шизонтів відбувається в капілярах внутрішніх органів, відзначається і місцева клітинна інфільтрація полінуклеарам і макрофагами. Найбільш важкі морфологічні зміни знаходять при церебральних формах тропічної малярії. Патологічної основою малярійної коми є ураження дрібних судин і капілярів головного мозку з порушенням проникності судинної Степко, блокуванням судин інвазнрованнимі еритроцитами, геморагія ми і глиозной і макрофагальної реакцією навколо ділянок геморагії. У місцях екстравазатов утворюються ділянки дегенерації мозкової тканини з глиозной реакцією навколо - утворенням «малярійної гранульоми» (гранульоми Дюрка).
При «блискавичної» формі триденної малярії знаходять тільки гострий набряк мозку.