Тонку кишку поділяють на три відділи: дванадцятипалу, тошую, jejunum, і клубову кишку, ileum. Топографія дванадцятипалої кишки, яка розташована як у верхньому поверсі, так і в нижньому, розглянута вище.

Худа і клубова кишки являють собою частини тонкої кишки, повністю розташовані в нижньому поверсі черевної порожнини.

Першу петлю тонкої кишки необхідно вміти знаходити при ревізії черевної порожнини, при багатьох операціях на шлунку і тонкій кишці. Для визначення flexura duodenojejunalis і початкового відділу тонкої кишки застосовується спосіб А. П. Губарєва.

За способом Губарева лівою рукою захоплюють великий сальник і поперечну ободову кишку і піднімають їх догори так, щоб натягнулася і була видна нижня поверхня брижі поперечної ободової кишки. Правою рукою намацують хребет біля основи mesocolon transversum (як правило, це тіло II поперекового хребця). Ковзнувши вказівним пальцем по куту між натягнутою брижі і лівою стороною хребта, відразу біля нього захоплюють кишкову петлю. Якщо ця петля фіксована до задньої стінки живота, то це і є flexura duodenojejunalis і початкова, перша петля тонкої кишки.

Спереду петлі тонкої кишки прикриває у вигляді фартуха великий сальник, що звисає з поперечної ободової кишки. Довжина тонкої кишки, виміряна на трупі, у чоловіків дорівнює майже 7 м. У живих людей тонка кишка коротша внаслідок м'язового тонусу. Діаметр тонкої кишки зменшується від початкового відділу, де він коливається від 35 до 48 см, до кінцевого, де він дорівнює у місця впадання в сліпу кишку 20-27 см.

Петлі порожньої кишки, Jejunum, лежать переважно зліва і вгорі, в межах пупкової, лівої бічний і частково лівої пахової областей. Довжина тонкої кишки становить приблизно 2/5 загальної довжини тонкої кишки. В наступну за нею подвздошную кишку худа переходить без різких кордонів.

Клубова кишка, Ileum, розташована переважно в правій половині нижнього поверху черевної порожнини, в межах правої латеральної області живота, частково в пупкової і під-чревной області, а також в порожнині малого таза. Стінки її тоншою, діаметр менше, ніж у худої кишки. Тому обтураційна непрохідність і затримка сторонніх тіл зустрічаються тут частіше.