Поділ атріовентрикулярного каналу відбувається у ембріонів довжиною 10 мм. У ембріонів довжиною близько 16-17 мм міжшлуночкової перегородки відокремлює правий і лівий шлуночок один від одного.

Після остаточного сформування цих перегородок іноді можуть мати місце порушення надходження крові в шлуночки в тих випадках, коли надходження крові в передсердя виявляється незбалансованим. Це питання має не тільки теоретичне значення, так як при порушеннях розвитку, що виражаються в передчасному закриття або дуже сильному звуженні міжпередсердної отвори серця зародка, виникає серйозна аномалія лівої половини серця.

Майже одночасно з появою вторинного міжпередсердної отвори у первинній перегородці (septum primum) починає утворюватися інша перегородка. Так само як і septum primum, septum secundum має форму півмісяця, але відкрита частина півмісяця спрямована більше дорзально, до місця впадіння синуса, а не до атріовентрикулярному каналу, як у septum primum.

В реконструкціях розвивається серця можна бачити, що septum secundum лежить трохи правіше septum primum. У міру зростання septum secundum її увігнутий край все далі «врізається» в передсердно порожнину; але septum secundum не стає суцільною перегородкою. Зростання її поступово припиняється і залишається характерне отвір, яке відоме під назвою овального отвору (foramen ovale).
Таким чином, край septum secundum складає те утворення, яке в анатомії називається limbus, або annulus fossae ovalis.

Ставлення septum primum до овального отвору, який існує в septum secundum, має життєво важливе значення. Вторинне отвір в septum primum утворюється так близько до верхньої стінці передсердя, що нерезорбіровавшаяся нижня частина septum primum служить як вільної клапанної стулки (з боку лівого передсердя) овального отвору septum secundum.

Ця стулка діє як односторонній клапан, що дозволяє текти крові в ліве передсердя з правого, але не допускає руху крові у зворотному напрямку. В абсолютно сформованому серце зародка цей клапан відомий під назвою клапана овального отвору (valvula foraminis ovalis); значно рідше застосовується його ембріологічної назву septum primum.

Поділ первинного шлуночка на праву і ліву порожнини починається приблизно одночасно з появою першої міжпередсердної перегородки. На початку другого місяця розвитку первинна м'язова частина міжшлуночкової перегородки з'являється на вершині петлі шлуночка і росте у напрямку до подушок атріовентрикулярного каналу.

Протягом деякого часу між напівкруглим краєм міжшлуночкової перегородки і підставою перегородки атріовентрикулярного каналу зберігається міжшлуночковий отвір. Первинна між шлуночкова перегородка швидко зростає, внаслідок чого розмір межжелудочкового отвори значно зменшується. Остаточне закриття межжелудочкового отвори відбувається, однак, не внаслідок триваючого росту основної м'язової частини перегородки, а за допомогою маси сполучної тканини.

Остання формується частиною з сполучнотканинного краю самої міжшлуночкової перегородки, частиною з основи ендокардіальних подушок, що утворюють перегородку атріовентрикулярного каналу, і, нарешті, частиною з складок конуса.