Поділ серця на праву і ліву половину починається протягом другого місяця розвитку, але закінчується цей процес, що призводить до повного розмежування потоків крові, лише після народження, коли плацента перестає служити джерелом кисню і організм переходить до легеневого дихання. У процесі поділу первинного загального передсердя на праву і ліву частини беруть участь дві перегородки. Вони називаються в порядку їх появи septum primum (I) і septum secundum (II). Утворюючись в якості напівкруглою складки на дорзо-краніальної частини стінки передсердя, septum primum зростає у напрямку до атріовентрикулярному каналу.

Майже одночасно з появою septum primum відбувається поділ первинного загального атріовентрикулярного каналу на правий і лівий канали. У стінках каналу з'являються два потовщення, одне з яких розташоване з дорзальной, а інше з вентральної сторони. Ці потовщення є ендокардіальний подушки атріовентрикулярного каналу. Кожна подушка складається з маси сполучної тканини, яка з'являється в розвиненому серце на місцях майбутнього злиття перегородок або там, де формуються такі складні сполучнотканинні структури, як, наприклад, серцеві клапани.

Протягом шостого тижня розвитку дорзальная і вентральна подушки ростуть, приходять в контакт один з одним і, зливаючись, обpaзуют загальну масу, яка і розділяє атріовентрикулярний канал. Між увігнутим краєм septum primum і зростаючими подушками атріовентрикулярного каналу залишається отвір, який сильно зменшується в процесі розвитку і називається міжпередсердної отвором (foramen primum ostium primum). Одночасно з цими змінами відбувається переміщення венозного синуса з середньою лінії вправо. Після виникнення міжпередсердної перегородки він відкривається в передсердя вже правіше її.

Тепер настає критична стадія розвитку серця. Його проста трубчаста форма змінюється таким чином, що стають ясно помітними чотири характерні порожнини дефінітивного серця. Підрозділи потоку крові поки не відбувається, тому що ще є зв'язок між правою і лівою половинами передсердя і шлуночка. Проте вже незначний подальше зростання перегородок призводить до повного розділення двох половин серця.

Ліва половина серця раннього ембріона стає в буквальному сенсі слова майже сухий, так як в неї надходить лише незначна кількість крові з нерозвинутих легких, в той час як венозний синус, в який впадають системні, плацентарні і ворітної вени, відкривається, як ми вже бачили раніше, правіше міжпередсердної перегородки. Перегородки шлуночка і атріовентрикулярного каналу швидко розвиваються. В міжпередсердної перегородки відбувається ряд змін, в результаті яких забезпечується постачання кров'ю лівого передсердя, а потім і лівого шлуночка.

Краниальная частина septum primum проривається і утворює міжпередсердної foramen secundum (вторинне міжпередсердної отвір). Поява другого міжпередсердної отвори відразу ж після закриття першого має суттєве значення, бо постійна міжпередсердної зв'язок забезпечує безперебійне надходження крові в ліве передсердя з правого, в який кров приноситься кровоносними судинами.