За минулі роки була проведена дуже велика робота з вивчення вторинної і третинної структури імуноглобулінів, Так як саме ці рівні організації білків визначають їх різноманітні фізико-хімічні та функціональні властивості. Тим відомостями, які зараз є в цій галузі, ми зобов'язані цілому ряду фізичних методів. Нижче коротко охарактеризовано основні з них.

Найбільш важливі дослідження в галузі вивчення просторової структури імуноглобулінів виконані в самий останній час - мова йде про вивчення кристалів цих білків та їх субодиниць за допомогою рентгенових променів.

Особливістю рентгеноструктурного методу є його придатність тільки до вивчення білків в кристалічній формі. В процесі кристалізації білок може стабілізуватися в одній з кількох своїх ізоформ. Крім того, його дифракційна картина є усередненою за часом. Це ускладнює або робить взагалі неможливим дослідження динамічної поведінки білка, властивого йому в розчині. Тому хорошим доповненням до рентгеноструктурному аналізу служать деякі інші методи.

Метод малокутового рентгенівського розсіювання і розсіяння нейтронів заснований на аналізі розподілу інтенсивності розсіювання досліджуваним розчином і дає інформацію про загальну формі та обсязі макромолекул в розчині.

Метод дисперсії оптичного обертання дозволяє по залежності величини обертання площини поляризації світла, що проходить через зразок, від довжини хвилі визначати ступінь а-спіральності і зміст структури в білках.

Швидкість воднево-дейтерієвої обміну, Яка вимірюється за швидкістю зміни інтенсивності певних смуг інфрачервоного спектру білка після поміщення його у важку воду, характеризує компактність і стабільність білкової глобули.

Метод кругової поляризації флуоресценції є емісійним аналогом кругового дихроїзму і відображає оптичну активність хромофора в його електронно-збудженому стані. Так як тільки люмінесцентні хромофори (в основному триптофан) обумовлюють спектри кругової поляризації флуоресценції, то цей метод є більш вибірковим, ніж метод кругового дихроїзму, при якому спектр обумовлений усіма адсорбуючими хромофорами.

Імуноглобуліни особливо зручні для цього роду аналізу, оскільки в кожному домені є дуже мало (від одного до трьох) залишків триптофану і, крім тото, вони займають подібне просторове положення.

Принцип методу поляризації флуоресценції полягає в наступному: швидкість виходу флуоресцентного барвника, зв'язаного з білковою молекулою з площини поляризації збуджуючого флуоресценцію світла, залежить при постійній в'язкості і температурі розчину від об'єму молекули. Тому по залежності параметра, що характеризує цю швидкість, від в'язкості розчину можна розрахувати ефективний радіус Стокса або ефективний обсяг молекули. Вони безпосередньо пов'язані з часом кореляції молекули. Детальніше про цей параметр сказано нижче.
Значна частина матеріалу, який обговорюється в наших статтях, Отримано методом спінової мітки, тому зупинимося на його описі детальніше.

Спінова мітка являє собою стабільний нітроксільний радикал із загальною структурою. Унікальність методу спінової мітки полягає в тому, що він дозволяє судити про локальні конформаційних зміни біополімерів в області приєднання мітки. Теорія методу і численні результати, отримані з його допомогою при дослідженні білків, нуклеїнових кислот, клітинних мембран та інших об'єктів, докладно описані в ряді оглядів і монографій.