Найпростіші розмножуються поділом. Найбільш поширене бінарне розподіл. При цьому способі розподілу з однієї особини утворюється дві дочірніх. Ядро ділиться мітатіческі, після чого цитоплазма розпадається на дві частини. Для споровиків та деяких інших форм характерно множинне ділення, шизогонія, в процесі якої спочатку багаторазово ділиться ядро, після чого цитоплазма ділиться на кількість утворилися ядер.
Своєрідне поділ, Ендодіогенія, що складається в освіті двох дочірніх особин всередині материнської, виявлено у токсоплазм.

Статевий процес описаний не у всіх видів найпростіших, він не відомий для багатьох амеб, трипаносом, лейшманій та ін Формами статевого процесу найпростіших є копуляція (саркодові, жгутиконосци і споровики) і кон'югація (інфузорії). При копуляції відбувається злиття двох статевих клітин, гамет; продукт злиття носить назву зиготи. Гамета завжди гаплоїдні, тобто її ядро містить удвічі менше хромосом, ніж ядро диплоїдної зиготи.

Редукція числа хромосом (Мейотическое розподіл) у споровиків має місце при першому розподілі зиготи і всі інші стадії життєвого циклу (спорозоїти, шизонти і гамети) є гаплоїдний. Такий тип редукції носить назву зіготіческого. У жгутиконосцев загону Нуреr mastigida більша частина життєвого циклу проходить в диплоїдної фазі і мейотическое розподіл відбувається тільки перед освітою гамет. Цей тип редукції носить назву гаметіческого. Він звичайний для багатоклітинних організмів. В життєвому циклі представників загону Foraminifera чергуються покоління, що розмножуються в гаплоидной і диплоїдної фазі.

Копуліруют гамети часто бувають невиразні морфологічно (ізогамний копуляція), але іноді між ними є фізіологічні відмінності, що дозволяють умовно говорити про чоловічих і жіночих гаметах. У всіх споровиків і представників низки інших груп між жіночими та чоловічими гаметами існують морфологічні відмінності (анизогамного копуляція).

При кон'югації інфузорії злиття цитоплазми партнерів не відбувається і з'єдналися на час особини обмінюються одним з двох гаплоїдних ядер, що утворилися на початку процесу.

Види найпростіших, Як і багатоклітинних організмів, представлені більшою кількістю підвидів, рас і вариететов. З практичної точки зору найбільш важливі штаммовие відмінності паразитичних найпростіших по вірулентності і антигенними властивостями. Так, розбіжності у вірулентності штамів збудника грають, мабуть, істотну роль в епідеміології амебіазу та токсоплазмозу. Не меншу важливість представляють і антигенні відмінності.

Так, при сонної хвороби людини збудники (Trypanosoma gambiense і Т. rhodesietise) утворюють «рецидивні штами» - антигенні варіанти, що виникають у відповідь на розвиток антитіл у господаря. Антитіла пригнічують основну популяцію паразита, але не діють на виник рецидивний штам, розмноження якого наводить до чергового рецидиву у господаря. Зміна рецидивних штамів повторюється багато разів в процесі розвитку інфекції. Деякі особливості епідеміології малярії можуть бути поставлені в зв'язок з антигенними відмінностями штамів малярійних паразитів. Доросле населення гіперендеміческой вогнищ має частковий імунітет до місцевих штамів збудника і не хворіє на малярію у гострій формі. Однак якщо в осередку з'явиться новий штам збудника, серед населення можуть виникати гострі випадки захворювань.