Раніше вже зазначалося, що серед царств в систематиці Маргеліса і Шварца Protoctista, можливо, є найбільш спірною групою, оскільки природні зв'язки між вхідними в неї організмами дуже слабкі.

По суті в цю групу зібрані всі еукаріотичні організми, що не укладаються за суворими критеріями ні в одне з еукаріотичних царств. Багато хто з протоктістов - одноклітинні організми.

В царство Protoctista входять еукаріоти, які зазвичай вважаються ідентичними або подібними предкам сучасних рослин, тварин і грибів. Сюди ж відносяться і організми, що нагадують ранні рослини, (водорості), ранніх тварин (найпростіші) і ранні гриби (Oomycota).

Крім того, це царство включає і групу, відому як слизовики, які подібно грибам утворюють спори, але при цьому здатні «повзти» по поверхні, тобто подібно тваринам вони рухливі.

Найбільш ранні еукаріоти були, ймовірно, одноклітинними організмами, пересувалися з допомогою джгутиків.

Протоктісти найпривабливіша група для тих, хто цікавиться еволюцією, оскільки ці організми служать ланкою між прокаріоти і більш сучасними еукаріотами, такими як рослини і тварини. У шістдесяті роки XX ст., Наприклад, було виявлено, що мітохондрії - ці силові станції клітин, що виробляють енергію в процесі аеробного дихання, - містять власні ДНК і рибосоми, що нагадують ДНК і рибосоми прокаріотів. В результаті вивчення послідовності основ у мітохондріальній ДНК були отримані вельми переконливі докази на користь того, що перш мітохондрії були аеробними бактеріями (прокаріоти), поселилися колись в предковой еукаріотичної клітці і «навчилися» сим-біотичних жити в ній. Тепер мітохондрії є у всіх еукаріотичних клітинах і «вести» незалежне життя вони вже не здатні.

Подібно мітохондрій, Хлоропласти - органели містять хлорофіл, - в яких відбувається фотосинтез, також мають свої власні прокариотические ДНК і рибосоми. Мабуть, хлоропласти походять від фотосинтезуючих бактерій, що мешкають в свій час в подібних тваринам гетеротрофних клітинах, перетворивши їх в автотрофні водорості. Точно так же, цілком можливо, що червоні водорості походять від синьо-зелених бактерій (ціанобактерій), а зелені водорості - від зелених бактерій, відомих як прохлорофіти.

Теорія, згідно з якою мітохондрії і хлоропласти є нащадками симбіотичних бактерій, отримала назву ендосімбіотіческой теорії. Ендосімбіонт - це організм, симбіотичні живе всередині (endo-) іншого організму.