Fab-фрагменти антитіла взаємодіють з антигенними детермінантами. Аг-зв'язуючий центр комплементаріїв епітопи Аг (принцип ключ-замок). Зв'язування Аг з AT нековалентно і оборотно. Афінність (спорідненість) Аг до антитіла визначається фізико-хімічними властивостями взаємодіючих молекул і співвідношенням концентрацій пов'язаних і вільних Аг і антитіл. На спорідненість впливають просторове відповідність взаємодіючих ділянок молекул, електростатичні, гідрофобні взаємодії і сили Ван дер Ваальса.

Авідність - Інтегральна характеристика сили зв'язку між Аг і AT, що враховує взаємодію всіх активних центрів з епітопами Аг.

Валентність антитіла - Число активних (Аг-зв'язуючих) центрів антитіла. Молекула повного Ig як мінімум двовалентне. Такі антитіла відомі як повні антитіла; Мономери з меншою валентністю - неповні антитіла.

Повні антитіла (Зокрема, IgM, lgG) викликають агрегацію Аг, видиму неозброєним оком (наприклад, РА бактерій).

Неповні антитіла містять один Аг-зв'язуючий центр і, тому, одновалентних (наприклад, антитіла , що виробляються при бруцельозі). Другий Аг-зв'язуючий центр у подібних Ig екранований різними структурами або має низьку авідності.

Неповні антитіла функціонально дефектні, так як не здатні агрегувати Аг. Неповні AT можуть зв'язувати епітопи Аг, перешкоджаючи контакту з ними повних антитіл; Тому їх також називають блокуючими антитілами.

Fc-фрагмент антитіла

Константні ділянки важких ланцюгів визначають характер взаємодій антитіла з клітинами і молекулами імунної системи, зокрема специфічність зв'язування молекули Ig з клітинами-ефекторами (наприклад, фагоцитами, огрядними клітинами), що несуть на своїй поверхні рецептори до Fc-фрагменту.

Fc-фрагмент визначає також ефекторні функції антитіла (Наприклад, активацію комплементу). Для реалізації цих властивостей відразу після зв'язування Аг Fab-фрагментами відбуваються конформаційні зміни структури Fc-фрагментів. Просторово змінені Fc-фрагменти розпізнають фагоцити, саме вони сприяють фіксації С1а-компонента комплементу і запуску комплементарного каскаду з класичного шляху. В іншому випадку ні клітини, ні ефекторні молекули були б не в змозі відрізнити інтактні AT або антитіла, Які зв'язали Аг.