Найбільш відповідальним і важким поза епідемічної ситуації є диференціальний діагноз між ПТИ, що протікає по типу гострого гастроентериту з наявністю ознак зневоднення, і холеру. Особливо великесхожість з холерою має ротавірусний гастроентерит і деякі форми сальмонельозу. Холера починає ся частіше поволі, з появи безболісного розрідженого, а в подальшому рясного водянистого стільця. Блювота на відміну від сальмонельозу та ПТИ іншої етіології приєднується при холері в більшості випадків пізніше. У хворих холерою біль в животі відзначається рідко, дефекація відбувається легко, без напруження.
Постійною ознакою євиражене бурчання і переливання рідини в кишечнику. Цей важливий симптом може бути використаний для диференціації холери від інших ГКІ в провізорних госпіталях у перші дні початку епідемічного спалаху холери. Стілець у багатьох хворих холерою має характерний вид «рисового відвару», не містить патологічних домішок слизу і крові (за винятком холери-мікст). У хворих на сальмонельоз стілець зеленуватий, з пластівцями слизу, має вигляд «жаб'ячої ікри». При поєднаних формах холери з дизентерією, сальмонельозом, хронічним колітом у випорожненнях хворих часто міститься домішка слизу і крові.
Печінка і селезінка при холері на відміну від сальмонельозу не збільшені. Рідкісне підвищення температури в перші години у хворих на холеру не супроводжується ознобом (ініціальний субфебрилітет спостерігався лише у 17% хворих під час епідемічного спалаху холери El-Tor серотипу Інаба в м. Астрахані в 1970 р. і не супроводжувався ознобом). Озноб, іноді приголомшливий, часто спостерігався у холерних хворих пізніше, коли внутрішньовенно вводився розчин «Трисоль», приготований на некондиційної дистильованій воді з пірогенних властивостей.
Істотним моментом, Що допомагає в диференціальній діагностиці ПТИ (сальмонельозу), є припинення рідкого стільця по мірі зменшення інтоксикації у зв'язку з введенням водно-сольових розчинів (трисоль тощо), тоді як у хворих на холеру в 1-у добу проведення регідратаційної терапії обсяг випорожнень навіть зростає.
При гострої дизентерії, Особливо викликаної шигеллами Зонне, на початку захворювання особливу труднощі представляє розмежування її від гастроентероколітіческом форми сальмонельозу. Спільними симптомами цих хвороб є підвищення температури тіла, озноб, виражена інтоксикація, біль в епігастрії і навколо пупка, блювота і рідкий стілець. В ході розвитку захворювання при дизентерії з'являються симптоми переважного ураження дистальних відділів товстої кишки: біль внизу живота, частий, убогий стілець з домішкою слизу і прожилок крові, тенезми. Живіт болючий по ходу товстої кишки, особливо в її дистальному відділі.
Для дизентерії найбільш тіпічниболезненность, спазм і ущільнення сигмоподібної кишки. Печінка і селезінка, як правило, не збільшені на відміну від багатьох випадків сальмонельозу. При ректосігмоскопіі виявляються зміни слизової оболонки дистального відділу товстої кишки: ерозії, геморагії, складки набряклі, слизова оболонка легко ранима. У Копрограма набагато більше, ніж при сальмонельозі, слизу, лейкоцитів і еритроцитів (до закриття полів зору).
При наявності у випорожненнях слизу і крові клінічні прояви з боку шлунково-кишкового тракту повинні бути оцінені також у зв'язку з можливістю поразок дистальних відділів товстої кишки при інших хворобах, недізентерійного етіології. Колітіческій синдром (біль в животі, нестійкі випорожнення, тенезми тощо) можуть спостерігатися при прото-зойних хворобах (амебіаз, балантидіаз), гельмінтозах (кишковий шистосомоз), а також при неспецифічному виразковому коліті, гемок-літах, злоякісних пухлинах товстої кишки.
При кишкової інфекції іерсініозной етіології проявами гострого гастроентериту або ентероколіту хвороба не закінчується. Через 1-2 тижні після кишкових розладів, з'являється біль в одному (частіше колінному) або декількох суглобах (артралгії та артрити), різноманітні висипки, жовтяниця, плевропневмонії, менінгіти або менінгоенцефаліти; лімфаденопатії з ураженням периферичних і вісцеральних лімфовузлів (мезентеріальних, біфуркаційних та ін .) У гострій фазі хвороби поразку ЛУ ілеоцекального області при иерсиниозе імітує клініку гострого апендициту (аппендікулярная форма кишкового ієрсиніозу).
Харчова токсикоінфекція іншої бактеріальної етіології порівняно легко диференціюються від дизентерії у зв'язку з переважним ураженням верхніх відділів шлунково-кишкового тракту. При них менш виражена інтоксикація, температура тіла у ряду хворих може бути нормальною, субфебрильной і навіть субнормальної. Промивання шлунка хворим харчові токсикоінфекції приносить помітне полегшення і мало впливає на стан хворого на дизентерію.