Рівноцінність дослідної та контрольної груп є другим обов'язковою умовою при постановці будь-якого епідеміологічного досвіду.
Для забезпечення рівноцінного відносини до створюванихгрупам як з боку експериментаторів, так і з боку включених в досвід контингентів контрольна група повинна щепитися індиферентним препаратом. Цей препарат має бути розфасований аналогічно випробуваному, вводитися тим же способом і в тому ж дозуванні.

Виконання цих умов досягається шифруванням всіх підлягають вивченню препаратів, що є третім обов'язковою умовою контрольованого епідеміологічного дослідження. Шифр повинен бути відомий тільки особі, керівному досвідом, і ні в якому разі особам, безпосередньо його проводить. Код не повинен розшифровуватися до остаточного підведення підсумків досвіду. Все це не тільки спрощує епідеміологічне дослідження, а й виключає можливість «пристрасті» при його здійсненні. Проведення шифрованих дослідів отримало назву «подвійного сліпого методу».

Виконання перерахованих умов дає впевненість в тому, що при подальшому випробуванні препарату буде досягнута така ж ступінь захисту, яка була отримана при дослідженні, те, що Р. Крукшенк позначає як «принцип відтворюваності».

Незважаючи на те що в більшості випадків метод випадкової вибірки забезпечує рівномірний розкид учасників, в кінці прищепної кампанії в цьому все-таки необхідно переконатися. Справа в тому, що, незважаючи на чітко розроблений план досвіду, рівноцінність дослідної та контрольної груп після проведеної імунізації може і не бути досягнута. Помилки в розподілі можуть залежати від недостатнього розуміння особами, безпосередньо проводили вакцинацію, основних принципів контрольованого досвіду або від випадкового розподілу контингенту, не передбаченого експериментатором заздалегідь. А. Хілл вказує, що навіть при дуже точно спланованому досвіді ми повинні пам'ятати, що сама по собі рандомізація не створює у всіх випадках порівнянних груп. Іноді групи, створені на основі гри випадку, розрізняються між собою і в умовах малої їх чисельності істотно. Підкреслюючи необхідність суворого контролю розподілу осіб у дослідній і контрольній групах, В. Кокборн і Б. Цветановіч поряд з терміном «контрольований досвід» рекомендують поняття «строго контрольований досвід», підкреслюючи тим самим обов'язковість забезпечення однакової імовірності захворюваності у всіх групах осіб, включених до досвід.

Строго контрольованих може бути названий такий досвід, в якому будуть дотримані три обов'язкові умови:
- Розподіл включених в досвід по одному з методів випадкової вибірки;
- Так звана імунізація контрольної групи індиферентним речовиною;
- Шифрування всіх препаратів, включаючи індиферентне речовина (плацебо).

Необхідність залишення без щеплень частини контингенту, включеного в досвід, змушує експериментатора вирішувати питання морально-етичного порядку. Особливо складно вирішувати ці питання в тих випадках, коли відсутність вакцинації може бути пов'язане із загрозою летального результату або важких залишкових явищ, викликаних тією або іншою інфекцією. Однак якщо мова йде про оцінку ефективності знову запропонованого препарату, вперше застосованого в боротьбі з тією чи іншою інфекцією, то вирішення цього питання, як правило, не викликає утруднення.

Формування контрольної групи можна уникнути лише в тому випадку, якщо виникає необхідність порівняльного вивчення ефективності двох або більше препаратів, вже застосовуються на практиці в боротьбі з будь-якою інфекцією, або якщо замість застосовуваної вакцини пропонується новий або вдосконалений препарат. При такому порівняльному вивченні вдається відповісти тільки на запитання, наскільки більш-менш ефективний той або інший препарат в порівнянні з іншим, однак без кількісної характеристики самої ефективності. Обов'язковою умовою такого порівняльного вивчення є попередня оцінка одного з препаратів в умовах суворо контрольованого епідеміологічного досвіду.

Вся робота з імунізації осіб, Включених в досвід, повинна бути завершена в максимально стислі терміни (в межах 1 міс), щоб всі учасники досліду піддавалися ризику зараження протягом одного і того ж відрізка часу. Крім того, у разі більш тривалого терміну проведення імунізації можуть змінюватися і умови зовнішнього середовища, значно впливають на захворюваність.

Облік результатів досвіду повинен базуватися на абсолютно достовірних діагнозах, при постановці яких використані всі можливості лабораторного обстеження.