Функціональна структура епідемічного процесу як цілої системи являє собою характеристику взаємодій як на кожному рівні його організованості (від молекулярного до соцекосістемного), так і цихрівнів між собою.
Відповідно до основних принципами системного підходу тільки характеристика системи як цілого відображає її сутність. Цілісність характеризує взаємозв'язок елементів системи, при якій зміна одного з них викликає зміни в інших і в системі в цілому.
Оскільки цілісна система складається із сукупності компонентів (Підсистем, елементів), її слід розглядати якєдність двох протилежностей - цілісності і роз'єднаності. Епідемічний процес також характеризується діалектичною єдністю протилежностей: він дискретний, оскільки складається з різних систем, і в той же час цілісний, оскільки функціонує як єдине ціле.
У зв'язку з тим що система кожного попереднього рівня епідемічного процесу входить до складу наступного як підсистеми і є органічною частиною всіх інших вищих рівнів, то між усіма рівнями існує тісний взаємозв'язок, що і визначає цілісність епідемічного процесу як інтегральної системи. Тому універсальна соціально-екологічна концепція враховує взаємопов'язаність, взаємозалежність і взаємозумовленість процесів, що відбуваються на кожному і на всіх разом узятих рівнях системи епідемічного процесу. Перехід до аналізу кожного наступного рівня означає підняття на новий, вищий ступінь пізнання його загальних закономірностей.
Відповідно до викладених концептуальними положеннями епідемічний процес може бути графічно представлений у вигляді діалектичної спіралі, кожен виток якої відображає відповідний рівень його ієрархічної організованості. Зсув спіралі всередину (її «стиснення») означає феномен взаємопов'язаності се рівнів і взаємозалежності процесів, що відбуваються на кожному з них, а зсув спіралі зовні (її «розтягування»)-послідовний розвиток і ускладнення явищ на кожному наступному рівні епідемічного процесу і його як інтегральної системи в цілому.
Однак слід зазначити, що взаємодії в системі епідемічного процесу не обов'язково мають тільки послідовний характер, тобто взаємні впливи можуть здійснюватися не тільки між суміжними рівнями, але і між рівнями, розташованими в ієрархічній структурі епідемічного процесу далеко один від одного. Прикладом можуть служити взаємодії соцекосістемного і организменного рівнів: характер клінічного перебігу інфекційного процесу, його маніфестной на організмовому рівні багато в чому визначаються факторами соцекосістемного рівня (характер харчування, стресові фактори, хіміо-та антибіотикотерапія та ін.)
Інший приклад: оскільки локалізація паразита (Тканинної-органний рівень) визначає шляхи його виведення з організму господаря і механізм подальшої передачі (хоча, згідно з вченням Л. В. Громашевського, в свою чергу і самі вони значною мірою обумовлені цим механізмом), то вона безпосередньо позначається і на екосистемному рівні, на якому реалізується механізм передачі.
Біологічна основа епідемічного процесу являє собою досить складну багаторівневу систему, яка є об'єктом вивчення імуногенетики, мікробіології, інфекційної патології та ін Отже, проблема цілісності епідемічного процесу може бути вивчена тільки за умови системної інтеграції та синтезу експериментальних і теоретичних даних цих наук. Епідеміологія використовує досягнення цих наук в тій частині, в якій вони відображаються на екосистемному рівні епідемічного процесу, проте об'єктом досліджень епідеміології як самостійної науки є вищі його рівні (екосистемний і соцекосістемний), а також епідемічний процес як цілісна система з її інтегральними закономірностями, ні в жодному разі не зводиться до закономірностей окремих ієрархічних рівнів.
У зв'язку з цим слід нагадати, що в міру ускладнення системи в ній виникають додаткові якості, притаманні їй лише як єдиного цілого. У роботах по системної методології це положення нерідко ілюструють наступними прикладами: властивості кухонної солі не можна визначити, аналізуючи тільки утворюють її натрій і хлор, так само як властивості води неможливо передбачити на основі характеристик входять до її складу кисню і водню. Аналогічно цьому якісну своєрідність епідемічного процесу як соціально-екологічної системи не визначається окремо взятими особливостями популяції збудника інфекції, його біологічних господарів або закономірностями їх взаємодій у складі паразитарної системи.