У 5-7% хворих ГІМ перебіг основного захворювання супроводжується тромбоемболічними ускладненнями.
1. Тромбоемболія легеневої артерії (ТЕЛА) при ГІМ може розвинутися тільки при локалізації процесу в області перегородки з розвитком пристеночного тромбоендокардіта або на тлі серцевої недостатності, особливо в поєднанні з миготливою аритмією, що сприяє утворенню тромбів в правих відділах серця. У всіх інших випадках виникнення ТЕЛА ГІМ є фактором ризику. Опис даного синдрому: див тему. Тромбоемболія легеневої артерії.

2. Тромбоемболія черевного відділу аорти викликає гостре порушення кровообігу в нижніх кінцівках ( синдром Леріша ). Клінічно даний стан проявляється раптовою появою сильних болів внизу живота з іррадіацією в крижі і нижні кінцівки. Дуже швидко зникає пульсація артерій нижніх кінцівок, вони стають блідими і холодними. Надалі, за рахунок інтоксикації, відзначається підйом температури, прискорення ШОЕ, лейкоцитоз. При відсутності хірургічного лікування розвивається гангрена.

3. Тромбоз артерій нижніх кінцівок клінічно проявляється аналогічно тромбоемболії черевного відділу аорти, тільки локалізація больового синдрому буде нижче, на рівні тромбу.

4. Емболія судин головного мозку найчастіше виникає на тлі тромбоутворення в порожнинах серця або у великих судинах. Характерним є раптовий розвиток епілептиформних судом, з наступною появою вогнищевої неврологічної симптоматики. Клініка в чому залежить від локалізації ураженої судини і від зони мозку, що зазнала гострої ішемії.