У міру накопичення відомостей про розвиток різних тварин поступово з'ясовувалося їх відмінність і схожість з розвитком людини, Що значною мірою сприяло поширенню припущення про розвиток людини з тварин з більш низько організованим організмом.

У цей період виник розділ порівняльної ембріології, до завдань якої входить вивчення онтогенетичного розвитку різних тварин і їх зіставлення на основі видового розвитку; в області пізнання законів розвитку цей розділ представляє собою великий крок вперед.

На цей час припадає і відкриття основного біогенетичного закону (Геккеля), відповідно до якого розвиток кожної окремої особини (онтогенез) є коротким, стислим і схематичним повторенням розвитку всього виду в цілому (філогенезу).

З онтогенезу людини і вищих тварин, При його порівнянні з онтогенезом нижчих тварин, видно, що певна, основна «червона нитка» розвитку всього виду хребетних, утворена основними і характерними для хребетних тварин елементами форми і функції, проходить через розвиток всіх представників даного виду.

У міру філогенетичного розвитку, Під впливом життєвих умов, в яких відбувався розвиток виду, накопичуються придбані нашарування нових властивостей, які потім поступово зумовлюють великі або менші відхилення від згаданої «червоної нитки» або ж її певною мірою затінюють; проте основна, визначальна лінія процесів розвитку виду зберігається зі значним постійністю.

Сукупність процесів розвитку, Які в ході філогенетичного розвитку характеризуються відносною сталістю, називається палінгенезії. Її можна вважати відображенням відносного сталості певної характерної сукупності життєвих умов, які існували протягом тривалого часу.

Чим більше зберігається палінгенезії, Тим повніше і виражено в онтогенезі повторюється філогенез. Навпаки, мінливі фактори зовнішнього середовища і життєвих умов шляхом асиміляції і спадковості включаються в філогенетичний процес і впливають, відхиляють в різного ступеня онтогенез тварин від основної лінії розвитку. Сукупність цих відхилень об'єднується під назвою ценогенез. Чим сильніше проявляється вплив ценогенетіческіх факторів, тим менш виражено повторення філогенезу в онтогенезі.

З вищесказаного стає ясним, Наскільки важливо вивчати не тільки саме онтогенетическое розвиток людини, але і його філогенез, а саме за допомогою методу порівняльної ембріології, причому особливо первинну стадію розвитку. Без такого підходу до вивчення неможливо осягнути розвиток вищих тварин, особливо приматів і людини.

У другій половині дев'ятнадцятого століття в ембріологічних дослідженнях стали систематично застосовуватися експериментальні методи дослідження. Чисто морфологічне і описове напрям вивчення виявилося явно недостатнім для більш глибокого розуміння процесів розвитку і для їх правильного тлумачення.

На основі дослідів цієї експериментальної ембріології (Помилково званої також механікою розвитку), що проводяться за допомогою різних методів дослідження, було отримано велику кількість важливих відомостей, які нерідко в значній мірі сприяли розумінню причинних та інших взаємозв'язків в онтогенетичному і філогенетичному розвитку, в тому числі у вищих тварин і в людини, незважаючи на те, що більшість таких досліджень можна проводити тільки на нижчих тварин (найчастіше на амфібіях і птахів). Проте їх тлумачення часто вело і до цих пір веде до механістичного розуміння, у зв'язку з чим слід провести переоцінку багатьох дослідів.