При ненормальних умовах в області кишечника можуть виникати різні пороки розвитку і аномалії; так, наприклад, в деяких випадках спостерігається вроджене недорозвинення деяких відділів гастро-інтестинального тракту (aplasia), далі зарашеніе заднепроходного отвори (atresia ani) і т. д.

Залишок пупкової-кишкового протоки може персистировать і в дорослому стані у вигляді так званого подвздошнокішечного дивертикула, або Меккеліева випинання клубової кишки (diverticulum ilei Meckeli). В деяких випадках спостерігається і персистенція фізіологічної пупкової грижі аж до народження. Однак частіше пупкова грижа утворюється вдруге, після народження в області рубця пупка, яка має малу опірністю.
Іноді спостерігається протилежне неправильне положення черевних (а також і грудних) органів (situs viscerum inversus).

Печінка (Hepar) закладається в кінці першого місяця ембріонального розвитку у вигляді невеликого випинання ентодерми кишкової трубки в місці майбутнього розвитку дванадцятипалої кишки, а саме між місцем відходження пупкової-кишкового протоки і закладкою околосердечной порожнини. Це епітеліальне випинання (вузлик) вростає в мезенхіму між обома листками вентральной брижі дванадцятипалої кишки (а почасти й між листками брижі шлунка).

Пізніше його епітеліальні вузли і балки розростаються також і в мезенхіму поперечної перегородки, яка розташовується поблизу у вигляді закладки діафрагми. Закладка печінки (nodus hepatis) поступово збільшується і разом з кишечником зміщується в каудальному напрямку. В навколишнє мезенхіму з неї починають виростати клітинні балки, які сетевидное з'єднуються між собою, а згодом у них утворюються просвіти.

При цьому вони утворюють в мезенхимной стромі губчасту і сетевідние структуру. Клітинні балочки вступають в тісний контакт з рясними гілочками пупкової-брижових вени, які розгалужуються в мезенхіми вентральной брижі дванадцятипалої кишки. Вони оточують їх капіляри і розсовують їх ендотелій, завдяки чому між балочки клітин утворюється система синусоїдних капілярів. Згодом їх мережа зв'язується з портальним (воротних) і живильним кровообігом печінки.

У просвітах закладок цих синусоїдних капілярів і в мезенхіми між балочки печінкових клітин у внутрішньоутробний період в ембріональних кров'яних острівцях відбувається кровотворення (міелопоез).

Зростаюча і ділиться печінку згинається потім дорсальнее закладки дванадцятипалої кишки, вростаючи між двома плечима в дорсальний відділ порожнини тіла і у вигляді латинської букви U оточуючи спереду кишкову трубку. Таким чином закладка печінки ділиться на дві первинні частки. Остаточна конфігурація печінки виникає пізніше. Хвостова частка (lobus caudatus) утворюється приблизно на шостому тижні, а квадратна частка (lobus quadratus) відокремлюється при відділенні жовчного міхура від закладки печінки.

Починаючи з кінця другого місяця, ліва частка печінки порівняно зменшується, А на бічній поверхні почасти також і атрофується. Її залишки можуть персистировать у вигляді так званого фіброзного печінкового придатка (appendix fibrosa hepatis). Навпаки, права частка продовжує інтенсивно рости, займаючи при цьому значну частину черевної порожнини плоду і випинаючи вентральній стінку тіла; на третьому місяці розвитку вона майже досягає пахової області. У наступний місяць її зростання щодо сповільнюється, завдяки чому при народженні вона знаходиться приблизно на рівні пупка, а у дорослої людини розташовується ще вище.