Для II стадії характерні значні ураження центральної нервової системи, що супроводжуються збільшенням кількості лімфоцитів ж білка в спинномозковій рідині. Ураження центральноїнервової системи можуть мати місце вже в перші місяці захворювання.

Одним з проявів II стадії хвороби є психічні порушення від ледве помітних до різко виражених. Відзначаються розумова слабкість, головний біль, апатія, загальмованість. Спостерігається також поразка периферичної нервової системи (зоровий нерв). В розпал хвороби характерні порушення сну (сонливість ВДВ безсоння, втрата ритм; сну), ходи, терморегуляції, почуття болю, голоду н спраги. У чоловіків відзначається статева слабкість, а у жінок-безпліддя, викидні.
Значні порушення менструального циклу у жінок - звичайне явище.

Характерний симптом африканського трипаносомозу - Набряки, які проявляються найчастіше у вигляді одутлості особи (особливо у дітей). Набряки можуть виявлятися вже на початку хвороби, але частіше вони виявляються в більш запущених випадках. Набряки свідчать про порушення білкового обміну н важкому перебігу. Тривалість II стадії 4-8 місяців.

При африканському трипаносомозе прогноз зазвичай незадовільний в тих випадках, коли є значні порушення центральної нервової системи (II стадія хвороби). Чи не лікувалися хворі вмирають в стані крайнього виснаження в середньому через 3-6 років від моменту зараження. Відомі, однак, випадки повного одужання навіть серед нелечівшіхся хворих. Тривалість перебігу африканського трипаносомоз залежить головним чином від термінів початку лікування. Якщо лікування розпочато незабаром після зараження, то хворий через 2-3 роки стає практично здоровим і знімається з обліку.

Клініка трипаносомозу, Що викликається Т. rhodesiense, характеризується більш гострим перебігом. Лихоманка при цій формі носить більш постійний характер, поразка лімфатичних вузлів спостерігається рідше і у менш інтенсивної формі. У хворих відзначаються гострі міокардити, випоти в перикард, плевру, очеревину; ураження нервової системи часто не встигає розвинутися.

Лабораторний діагноз ставиться по виявленні трипаносом в пунктаті лімфатичних вузлів, в мазках і товстих краплях крові та в спинномозковій рідині. Препарати забарвлюють за Романовським.

За кількістю білка і лімфоцитів в спинномозковій рідині встановлюють стадію захворювання: до I стадії відносять випадки, при яких в спинномозковій рідині є не вище 25 мг% білка і не більше 3 клітин в 1 мм. Випадки з більш високими показниками білка та клітин, що свідчать про значне ураженні центральної нервової системи, відносять до II стадії. Високою чутливістю відрізняється реакція зв'язування комплементу.

Найкращими лабораторними тваринами для виділення Т. gambiense є мавпи пологів Cercopithecus і Erythrocebus. До зараження Т. rhodesiense високочутливі білі миші та щури.