У 1808 р. було створено ветеринарне відділення при Петербурзькій медико-хірургічній академії, а в 1809 р. - при Московській медико-хірургічній академії, де навчання тривало 4 роки. В цих академіях студентиветеринарного відділення вивчали медичні науки, а студенти медичного відділення - ветеринарні. Таким чином, цей період характеризувався відомим універсалізмом у викладанні на тому й іншому відділеннях, так як одні й ті ж особи відали медичними та ветеринарними кафедрами.
Першим завідувачем кафедрою зоохірургіі ветеринарного відділення Петербурзької медико-хірургічної академії з 1808 по 1831 р. був проф. А. І.Яновський (1780-1831). Після нього кафедрою хірургії завідував проф. В. І. Всеволодов (1790-1867). Талановитий педагог і всебічно освічений учений того часу, він разом зі своїми попередниками заклав наукові основи ветеринарної хірургії. В. І. Всеволодов є автором цілого ряду перших вітчизняних фундаментальних науково-практичних та навчальних посібників з ветеринарії, в тому числі по хірургії - «Зоохірургія, або рукодеятельная ветеринарна наука, на користь російськихветеринарних лікарів ».
З 1847 по 1853 р. кафедрою хірургії став завідувати професор С. І. Шитт. Будучи досвідченим клініцистом, він був одним з хірургів, що заклали правильні методичні основи клінічної підготовки ветеринарних лікарів.
На його наукову і педагогічну діяльність, Як і на весь наступний період розвитку ветеринарної хірургії, зробив величезний вплив найбільший топографоанатом Н. І. Пирогов (1810-1881), який володів дивно високою технікою оперування. Швидкість оперування і атравматичного дозволяли йому до певної міри профілактувати інфекцію і скорочували термін больових страждань. Він запропонував ректальний ефірний наркоз і використовував ряд хімічних засобів для попередження ранових ускладнень.
Наукове розвиток хірургії і створена Н. І. Пироговим топографічна анатомія послужили підставою до поділу хірургії як предмета на хірургію клініко-теоретичну, або хірургічну патологію, і хірургію операційну. У зв'язку з цим в 1847 р. на ветеринарному відділенні Петербурзької медико-хірургічної академії вперше був створений кабінет оперативної хірургії з топографічною анатомією, що з'явився прототипом сучасних кафедр оперативної хірургії з топографічною анатомією.
Істотний науково-практичний внесок у розвиток ветеринарної хірургії вніс проф. В.Е.Воронцов (1844-1900), який завідував кафедрою хірургії ветеринарного відділення Медико-хірургічної академії з 1873 по 1882 р., до закриття ветеринарного відділення Медико-хірургічної академії. Він видав ряд праць з патологічної анатомії і хірургії. У 1842 р. Московська медико-хірургічна академія була включена до складу Московського університету.
У медико-хірургічних відділеннях студенти отримували одночасно медичну і ветеринарну підготовку, а закінчили курс мали право лікувати як людей, так і тварин. Починаючи з 40-х років XIX ст. все більше і більше стала проводитися диференційована підготовка медичних і ветеринарних лікарів.
Період розвитку вітчизняної наукової ветеринарії і, зокрема хірургії, що почався в першій половині XIX ст. в стінах Петербурзької та Московської медико-хірургічних академій, збігся з найбільшими відкриттями: були запропоновані ефірні наркоз - інгаляційний (1846 Джексон і Мортон) і ректальний (Н. І. Пирогов); хлороформний наркоз - інгаляційний (1847 Сімпсон); розроблено місцеве знеболення (В. К. Анреп тощо); введено метод антисептики (1867 Д. Лістер).
Швидкий розвиток капіталізму в Росії після скасування кріпосного права (1861) характеризувалося зростанням товарного виробництва сільського господарства. Проте останнє несло значної шкоди від широко розповсюджених захворювань тварин. Виникла необхідність для всебічного та поглибленого вивчення багатьох, особливо заразних захворювань тварин. Разом з цим зросла потреба у ветеринарних лікарів і необхідність спеціалізованої їх підготовки.