За змінами, пов'язаними з евтрофікацією, Можна стежити біологічними і хімічними методами. Такі регулярні спостереження, тобто моніторинг, дозволяють вчасно вжити адекватних заходів, що запобігають катастрофічну деградацію екосистеми. Виявити почалася евтрофікацію можна по зміні складу фітопланктону, наприклад за його участю «цвітінню», що викликається ціанобактеріями.
Для евтрофних вод характерно низьке видове різноманіття фітопланктону при високому великій кількості декількох кодомінантов. Корисним хімічним параметром служить так звана біохімічна потреба в кисні (БПК) (досвід 11.9), тобто міра виснаження його запасів біотою. Вважається, що ця величина відображає інтенсивність розкладання присутнього у воді детриту мікроорганізмами (як уже говорилося, для евтрофних водойм характерне зростання маси MOB). Теоретично результат буде включати і споживання кисню фітопланктоном. Зазвичай на практиці це не має значення, хоча в окремих випадках на водорості доводиться до 50% БПК. Таким чином, даний аналіз лише приблизно оцінює якість води, і бажано використовувати його в поєднанні з іншими методами.
Теплове забруднення
Теплове забруднення створює проблеми в річках і прибережних океанічних водах. Зазвичай таке забруднення пов'язане з використанням природних вод в якості охолоджуючих агентів в промислових процесах, наприклад на електростанціях. Вода, яка повертається у водойми підприємствами, тепліше вихідної і, отже, містить менше розчиненого кисню. Одночасно нагрівання середовища збільшує інтенсивність метаболізму її мешканців, а, значить, їх потреба в кисні. Якщо температура води, що скидається незначно відрізняється від температури води у водоймі, то ніяких змін біотичного компонента екосистеми може не відбутися. Якщо ж температура підвищується істотно, то в біоті можуть відбутися серйозні зміни. Наприклад, для прохідних риб типу лосося бідні киснем ділянки річок стають нездоланними перешкодами, і зв'язок цих видів з нерестовищами переривається.
Однак таке використання водойм (Річок або естуарії), вже забруднених органікою, іноді дає позитивний ефект. Проходячи по трубам промислових систем охолодження, вода оксигенируется в результаті перемішування, тому, повертаючись в евтрофних екосистему, може збагачувати її киснем. Це стимулює мікробну активність і сприяє підвищенню якості місцеперебування.