Антагоністичний симбіоз - Симбіотичні відносини, завдають господареві більш-менш виражений шкоду; його крайній прояв - паразитизм[от греч. para, при, + sitos, пища]. Якщо мікроорганізми-сапрофіти[от греч. sapros, гнилой, + phyton, растение]утилізують мертві органічні субстрати, то паразитичні види живуть за рахунок живих тканин рослин або тварин. Проникаючи в організм господаря, вони можуть викликати у нього захворювання, тому їх позначають як патогенні мікроорганізми.

Паразитичні мікроорганізми поділяють на внутрішньо-і позаклітинні. Внутрішньоклітинні паразити - віруси, рикетсії і хламідії. Позаклітинні паразити - більшість бактерій і найпростіших.

Факультативні паразити. В залежності від зовнішніх умов деякі мікроорганізми можуть вести себе як паразити, або як сапрофіти. Тому їх так і називають - факультативні паразити. До них відносять більшість умовно-патогенних бактерій.

Облігатні паразити повністю втратили власні метаболічні можливості і живуть, руйнуючи тканини господаря.

Метабіозу

У ряді біотопів, особливо в грунті, деякі мікроорганізми утилізують продукти життєдіяльності інших; наприклад, нитрифицирующие бактерії використовують аміак, який утворюють аммоніфіцірующіе бактерії. Подібні взаємини відомі як метабіозу.

Сателлізм

Деякі мікроорганізми здатні виділяти метаболіти, стимулюють ріст інших мікроорганізмів. Наприклад, сарціни або стафілококи виділяють ростові фактори, що стимулюють ріст бактерій роду Haemophilus. Нерідко спільний ріст декількох видів мікробів активує їх фізіологічні властивості. Подібні взаємини відомі як сателлізм [от лат. safeties, сопровождающий].

Антагонізм

Ситуації, коли один мікроорганізм пригнічує розвиток іншого, відомі як мікробний антагонізм [от греч. antagonizmai, соперничество]і відображають склалися еволюційно форми боротьби мікроорганізмів за існування (тобто за джерела живлення та енергії). Антагоністичні взаємини особливо виражені в місцях природного проживання болишого числа різних видів і типів мікроорганізмів (наприклад, у грунті або ШКТ), що мають однакові харчові та енергетичні потреби. При цьому дія на конкурента може бути пасивним або активним. У першому випадку мікроорганізми швидше утилізують субстрат, позбавляючи суперника «сировинних ресурсів», у другому - «оголошують війну до повного знищення». Форми винищення можуть бути варіабельними - від банального поглинання дрібніших видів до виділення високоспецифічних продуктів, токсичних для конкурентів.