Герпетичні ураження необхідно диференціювати з ящуром. При огляді порожнини рота і ротоглотки у хворого ящуром виявляються яскрава гіперемія і значна набряклість слизових оболонок, особливо щік, мови, піднебінних дужок, м'якого піднебіння та губ. На початку хвороби на тлі високої лихоманки, вираженої інтоксикації з'являються відчуття сухості і печіння в роті, болючість при жуванні, рясне слиновиділення: слина виділяється з рота безперервним струменем.
Спочатку на слизовій оболонці рота з'являються обмежені червоні плями, потім на їх місці - множинні вторинні бульбашки і афти еліпсоїдної форми, діаметром до 3 мм. Вміст пухирців спочатку прозоре, а потім каламутніє. Афти виявляються не тільки на слизовій рота, але і в носі, на кон'юнктиві, в стравоході, піхву і сечівнику, а також на шкірі обличчя, рук і ніг. Велике діагностичне значення при ящуре мають бульбашкові висипання в міжпальцевих просторах, на кистях, столах і в області кінцевих фаланг пальців.
В периферичної крові, На відміну від інших герпетичних уражень, виражена еозинофілія, яку Г.П. Руднєв вважав важливим діагностичним ознакою ящуру. Допомагають при постановці діагнозу ящура епідеміологічні дані (вказівки на контакти з хворими тваринами).
Зміна слизової оболонки ротоглотки у вигляді гіперемії, набряку (рідше ангіни) можуть бути при генералізованому иерсиниозе. Слизова оболонка ротоглотки уражається і при псевдотуберкульозу. В цьому випадку, так само як при скарлатині, поряд з яскравою гіперемією глотки іноді з чіткою межею між м'яким і твердим небом на м'якому небі може бути мелкоточечная енантема, «малиновий» язик. При жовтяничний варіанті иерсиниоза м'яке піднебіння має жовтяничну забарвлення.
Особливу значимість огляд ротоглотки має для встановлення діагнозу ІБ, при яких її поразка є домінуючим у клінічній картині захворювання: ангіна, дифтерія, скарлатина, інфекційний мононуклеоз, лістеріоз; деякі клінічні форми туляремії та харчової токсикоінфекції стрептококової етіології.
При ангіні Симановского-Венсана спостерігається однобічне ураження мигдаликів. Захворювання характеризується появою глибокої виразки з нерівними краями, дно якої вкрито брудним зеленкувато-сірим нальотом, легко знімаються шпателем, але швидко відновлюються. Наліт нерідко покриває всю мигдалину і виходить за її межі.
Найбільші труднощі представляє діагностика дифтерії. Після довгих років благополуччя по захворюваності на дифтерію лікар, не бачив хворих на дифтерію, відчуває серйозні діагностичні труднощі. Однак відповідальність за помилковий (більш звичний) діагноз ангіни замість дифтерії не знімається з будь-якого лікаря, незалежно від його досвіду і лікарського стажу. Уміння розпізнавати дифтерію, так само як діагностувати вчасно гострий апендицит, повинна входити до переліку хвороб, при яких лікар зобов'язаний володіти методикою клінічного діагнозу.
При проведенні диференціального діагнозу ангіни та дифтерії слід мати на увазі, що зміни при дифтерії найбільш часто локалізуються в ротоглотці. Може бути також дифтерія гортані, очей, статевих органів, ран. Дифтерія ротоглотки може протікати у вигляді катаральної, островковой, пленчатой форм, з наявністю інтоксикації (токсична) або без неї (нетоксичний). Хвороба починається з підвищення температури. Біль у горлі при ковтанні, на відміну від ангіни, виражена слабше, іноді відсутній. Слизова оболонки ротоглотки помірно гіперемована.
На мигдалинах типові сірувато-білуваті, Гладкі, блискучі, щільні, не знімаються шпателем, фібринозні плівчасті нальоти у вигляді острівців або суцільно їх покривають. Плівка (diphthera) не піддається розтирання шпателем на предметному склі. Підпливши-нічна поверхню кровоточить. Токсичні форми дифтерії супроводжуються набряком паратонзіллярний і шийної клітковини, інтоксикацією, ураженням серця, периферичних нервів, нирок, печінки. Просвіт ротоглотки звужений через різке набряку. Мигдалини покриті типовим дифтеритическим нальотом, майже змикаються. Слизові оболонки неба і дужок вільні від нальотів, гипереміровані, ціанотичні.